该疗法的应用可以减少单一用药产生的抗药性，最大限度地抑制病毒的复制，使被破坏的机体免疫功能部分甚至全部恢复，从而延缓病程进展，延长患者生命，提高生活质量。

不过随着时间的推移，很多人开始怀疑这种疗法的有效性。2001年《时代》周刊刊登一篇评论文章，认为何大一“可能是少数几个仍然相信药物能祛除艾滋病毒的人之一”。

鸡尾酒疗法药物有可能增加艾滋病患者心脏病发作的危险。但科学家们强调，这种危险远远小于这种疗法带来的益处。

负责进行此项研究的威康星州大学的詹姆斯·索斯曼博士向在亚特兰大召开的美国心脏学会的年会上提出报告说，配制治疗艾滋病的“鸡尾酒”的主要成份——蛋白酶抑制剂（它能促使药物攻击艾滋病病毒）会导致心脏疾病。索斯曼在报告中说：“艾滋病病毒携带者服用蛋白酶抑制剂确实能使病情减轻，但它也会导致一个主要的副作用，即心脏病。”他解释道，他在研究中发现，这种蛋白酶抑制会改变血管内壁厚度。 

此前，已经有病人抱怨说，他们在接受“鸡尾酒疗法”后会伴随出现恶心呕吐、腹泻等十分明显的副作用。有一些人在接受这种疗法后还会出现血糖和胆固醇水平的微妙变化，导致体重增加或者身体某个部位突然发胖，因此有人将这种“鸡尾酒”戏称为“增胖蛋白酶”。 

在研究过程中，索斯曼领导的研究小组利用超声波设备对21位接受“鸡尾酒疗法”的艾滋病病毒携带者的体内血液流动状况进行了监测，并将有关结果与7名没有接受这种疗法的艾滋病病毒携带者进行比较。

他们发现接受“鸡尾酒疗法”治疗的患者的血管内壁厚度发生了增厚的变化，说明该疗法确实对心脏有损害。他们因此建议接受“鸡尾酒疗法”的艾滋病病毒携带者应该在复杂的服药计划中添加抗胆固醇药物。

对于很多患者来说,每日所服药的次数以及药片数已经成为了一种负担。幸运的是,在治疗方案的简化方面已经取得了进展,而且这有望在2006年晚些时候达到及至。届时将引入一种依法韦仑/替诺福韦/恩曲他滨复方制剂,患者每日仅需服用一次,每次仅需服用一片。 

迄今为止很少有研究涉及维持治疗方案,但Walensky等的研究表明,利托那韦/洛匹那韦复合制剂或利托那韦/atazanavir复方制剂有望用作维持治疗。 

在未来1~2年内,具有抗多种PI耐药突变株活性的PI(darunavir,TMC-114)和具有抗103N和其他耐药突变株活性的NNRTI[TMC-125(etravirine)和TMC-278]有望获得上市批准。除此之外的补救性治疗方案还包括,一些新组合,如darunavir/etravirine(DUET研究正在进行中),以及联用两种进入抑制剂,如enfuvirtide加一种CCR5抑制剂。 

目前研发的比较成熟的新型抗病毒药主要有CCR5抑制剂(如maraviroc和vicriviroc)和整合酶抑制剂(如MK-0518和GS-9137)。很多人对CCR5抑制剂的研发倾注了很大热情,这类药物也可能给治疗带来重要影响,但由于存在对其肝毒性和疗效的担忧,因此其研发进程多多少少受到些影响。整合酶抑制剂MK-0518在初治患者中的抗病毒效力已经得出了令人兴奋的早期结果。

2010年3月28日，国际权威医学学术刊物《柳叶刀》刊登学术报告说，在针对艾滋病发病者的治疗中，使用“鸡尾酒疗法”并辅以抗生素治疗可有效降低患者在一定时间内的死亡率。