加载中…R语言主成分回归
(2015-12-21 09:56:56)
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R学习-主成分分析和主成分回归
#主成分分析和主成分回归
Pearson
1901年提出 Hotelling 1933进一步发展
一
princomp() 函数
princomp(x, cor =
FALSE, scores = TRUE, covmat = NULL,
subset =
rep(TRUE, nrow(as.matrix(x))), ...)
#
分析用数据
# cor
是否用样本的协方差矩阵作主成分分析
prcomp()
二
summary()函数
三
loadings()函数
四
predict() 函数
五
screeplot() 函数
六
biplot() 函数
实例
某中学随机抽取某年级30名学生，测量其身高，体重，胸围，坐高，针对这30名中学生身体四项指标数据做主成分分析。
student<-data.frame(
X1=c(148,
139, 160, 149, 159, 142, 153, 150, 151, 139,
140, 161,
158, 140, 137, 152, 149, 145, 160, 156,
151, 147,
157, 147, 157, 151, 144, 141, 139, 148),
X2=c(41,
34, 49, 36, 45, 31, 43, 43, 42, 31,
29, 47,
49, 33, 31, 35, 47, 35, 47, 44,
42, 38,
39, 30, 48, 36, 36, 30, 32, 38),
X3=c(72,
71, 77, 67, 80, 66, 76, 77, 77, 68,
64, 78,
78, 67, 66, 73, 82, 70, 74, 78,
73, 73,
68, 65, 80, 74, 68, 67, 68, 70),
X4=c(78,
76, 86, 79, 86, 76, 83, 79, 80, 74,
74, 84,
83, 77, 73, 79, 79, 77, 87, 85,
82, 78,
80, 75, 88, 80, 76, 76, 73, 78)
)
#主成分分析
student.pr <-
princomp(student, cor = TRUE)
#显示结果
summary(student.pr,
loadings=TRUE)
#预测，显示各样本主成分的值
pre<-predict(student.pr)
#显示碎石图
screeplot(student.pr,type="lines")
#
主成分分析散点图
biplot(student.pr)
例二
对128个成年男子的身材进行测量，每人测得16项指标，身高，坐高，胸围，头高，裤长，下档，手长，领围，前胸，后背，肩厚，肩宽，袖长，肋围，腰围，腿肚，分别用X1-X16表示。16项指标的相关矩阵R。从相关矩阵出发进行主成分分析，随16项指标进行分类。
命令
x<-c(
1.00,
0.79,
1.00,
0.36,
0.31, 1.00,
0.96,
0.74, 0.38, 1.00,
0.89,
0.58, 0.31, 0.90, 1.00,
0.79,
0.58, 0.30, 0.78, 0.79, 1.00,
0.76,
0.55, 0.35, 0.75, 0.74, 0.73, 1.00,
0.26,
0.19, 0.58, 0.25, 0.25, 0.18, 0.24, 1.00,
0.21,
0.07, 0.28, 0.20, 0.18, 0.18, 0.29,-0.04, 1.00,
0.26,
0.16, 0.33, 0.22, 0.23, 0.23, 0.25, 0.49,-0.34, 1.00,
0.07,
0.21, 0.38, 0.08,-0.02, 0.00, 0.10, 0.44,-0.16, 0.23,
1.00,
0.52,
0.41, 0.35, 0.53, 0.48, 0.38, 0.44, 0.30,-0.05, 0.50, 0.24,
1.00,
0.77,
0.47, 0.41, 0.79, 0.79, 0.69, 0.67, 0.32, 0.23, 0.31, 0.10, 0.62,
1.00,
0.25,
0.17, 0.64, 0.27, 0.27, 0.14, 0.16, 0.51, 0.21, 0.15, 0.31, 0.17,
0.26, 1.00,
0.51,
0.35, 0.58, 0.57, 0.51, 0.26, 0.38, 0.51, 0.15, 0.29, 0.28, 0.41,
0.50, 0.63, 1.00,
0.21,
0.16, 0.51, 0.26, 0.23, 0.00, 0.12, 0.38, 0.18, 0.14, 0.31, 0.18,
0.24, 0.50, 0.65, 1.00
)
names<-c("X1",
"X2", "X3", "X4", "X5", "X6", "X7", "X8", "X9",
"X10",
"X11", "X12", "X13", "X14", "X15", "X16")
R<-matrix(0,
nrow=16, ncol=16, dimnames=list(names, names))
for (i in
1:16){
for (j in
1:i){
R<-x[(i-1)*i/2+j];
R[j,i]<-R
}
}
#主成分分析
pr<-princomp(covmat=R)
load<-loadings(pr)
#
plot(load[,1:2])
text(load[,1],
load[,2], adj=c(-0.4, 0.3))
主成分回归
考虑进口总额Y与三个自变量：国内总产值，存储量，总消费量之间的关系。现收集了1949-1959共11年的数据，试做线性回归和主成分回归分析。
conomy<-data.frame(
x1=c(149.3, 161.2,
171.5, 175.5, 180.8, 190.7, 202.1, 212.4, 226.1, 231.9,
239.0),
x2=c(4.2,
4.1, 3.1, 3.1, 1.1, 2.2, 2.1, 5.6, 5.0, 5.1, 0.7),
x3=c(108.1, 114.8,
123.2, 126.9, 132.1, 137.7, 146.0, 154.1, 162.3, 164.3,
167.6),
y=c(15.9,
16.4, 19.0, 19.1, 18.8, 20.4, 22.7, 26.5, 28.1, 27.6,
26.3)
线性回归
lm.sol<-lm(y~x1+x2+x3,
data=conomy)
summary(lm.sol)
主成分回归
#
主成分分析
conomy.pr<-princomp(~x1+x2+x3,
data=conomy, cor=T)
summary(conomy.pr,
loadings=TRUE)
pre<-predict(conomy.pr)
conomy$z1<-pre[,1];
conomy$z2<-pre[,2]
lm.sol<-lm(y~z1+z2,
data=conomy)
summary(lm.sol)
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