土壤是微生物良好的天然培养基，可为微生物提供矿物质、有机质等营养成分和能源，土壤空气、温度和土壤溶液的pH和渗透压对微生物的生存和繁殖均十分有利。微生物在适宜的土壤环境下能旺盛地代谢和迅速地繁殖。同时由于这些土壤微生物的存在，又对土壤结构的形成、土壤理化性质的改善等关系密切。
  1.土壤的营养成分  土壤中含有各种无机矿物质和有机质，土壤中的矿物质不但含有很多微生物所必需的硫、磷、钾、铁、钙等营养元素，还含有硼、锌、锰等必需的微量元素，而土壤中动植物残体及腐殖质为微生物提供了丰富的有机养料。
  2.土壤的水分  土壤中含有满足微生物基本要求的足够水分，水中可含多种溶解性物质，有利于土壤颗粒与土壤水分、土壤水与微生物间的营养交换。
  3.土壤的温度  土壤具有保温性，在一年四季中变化不大，为微生物生存提供了条件。
  4.土壤的pH和渗透压  土壤的酸碱度一般为中性或微碱性，渗透压适中，适于微生物生长。
  5.土壤的空气  在土壤空隙中水和空气是互为消长的，团粒结构较好的土壤充满空气，保证需氧菌生长，而在潮湿的粘土地，则几乎没有空气，适于厌氧菌生长。
  总之，土壤提供了微生物生命活动和繁殖所必需的各种环境条件，是微生物生活最稳定的生境。但土壤中有机物数量，植物根系、湿度和通气、pH值、温度、农药使用情况等因素对土壤微生物有很大的影响，造成微生物在土壤中的分布的不均匀性。自然土壤因成土因素不同，性状各异，土壤的物理、化学性状及气候因子的差别，不但不同区域和不同层次的微生物数量和区系组成存在差异，而且一年的不同季节里微生物数量也有变化。由于土壤环境条件的变化，在干旱、高温、辐射、营养枯竭等不良条件下，很多土壤微生物可进入休眠状态并形成抗逆结构，如荚膜、芽胞、孢子等以保存生命，还可借助外力播散，对人体健康造成影响。