在同一温度类型条件下,温度发生波动会给发酵带来一定影响｡在恒温发酵时,于1h内温度上下波动不宜超过±(2～3℃)｡短时间内温度升降5℃,沼气产量明显下降,波动的幅度过大时,甚至停止产气｡例如一个在35℃下正常运行的厌氧消化装置,若温度突然下降到20℃,产气几乎停止｡然而,温度波动不会使厌氧消化系统受到不可逆转的破坏,即温度瞬时波动对发酵的不利影响只是暂时性的,温度一经恢复正常,发酵的效率也随之恢复｡如温度波动时间较长时,效率的恢复所需时间也相应延长｡例如有人曾观察到将35℃的运行温度降至10℃,并保持15min,然后恢复至35℃,沼气产率就迅速回升;如果保持2h,则产气率恢复至原有水平所需的时间也较长｡

关于中温和高温沼气发酵之间温度变化的影响,人们了解不多｡长期以来,认为高温发酵和中温发酵是不同温度类型的微生物所进行,首都师范大学对中､高温厌氧活性污泥,同时在中高温条件下进行了最高产甲烷活性测定｡所用中温污泥为35℃运行的鸡粪厌氧消化污泥,高温污泥为53～55℃运行的鸡粪厌氧消化污泥｡试验结果列于下表:

从表中可以看出高温污泥在中温条件下仍保持了60%的活性,中温污泥在高温条件下仍有43%的活性｡他们曾利用中温污泥快速启动高温消化器获得成功｡