如果将检测器输出信号充分放大，可看到输出信号噪声。从噪声的形状上看，既有明显的斜率变化，又有一定的宽度。如果最小峰面积设置得太小，噪声信号将被误认为是离子色谱峰积分，报告中将会出现很多未知组分。而当最小峰面积设置得太大时，一些浓度很低的离子色谱峰，如接近检出极限的离子色谱峰信号将不被积分。因此最小峰面积应根据用户实际检测器的输出信号噪声水平而设定。一般设置为基线噪声的两倍。有些公司的离子色谱工作站中具有测量检测器输出噪声水平的功能。