唐武德九年（626）六月，秦王李世民被立为太子，八月接王位，改号贞观，这就是历史上有名的唐太宗。秦琼也因有功，拜为左武卫大将军，赐给七百户的封邑。后来，秦琼多病缠身，自谓自幼戎马转战，身经大战二百余次，光流的血也足足有几十斗之多，元气大伤，怎能不病？到贞观十二年（638）终于因病去世。而演义中说其为了挂帅征东，在70高龄与尉迟恭比赛举千斤石狮子，累的吐血到地，以至病死，岂不哉！

秦琼死后赠徐州都督，改封胡国公，并陪葬昭陵。“太宗特令所司就其茔内立石人石马，以旌战阵之功焉。”（《旧唐书》本传）他的画像也上了表彰大功臣的凌阁。秦琼的传奇人生后被演义进了戏剧以及说唱文学之中，并且被人们誉为“山东好汉”。