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唐明智
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博文
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测序

DNA

峰图

引物

碱基

序列

杂谈

分类: 测序常见问题分析

在测序过程中,引物质量是影响测序结果的一个重要因素,由于载体测序通常使用的是载体上的通用引物,而且是由测序公司提供,因此一般不会出现问题。而 PCR产物测序使用的是个人自己设计并合成的引物,引物的质量差别很大,因此有时会出现问题。

1.引物降解

 原因:引物保存不好会导致引物降解,用来测序时会导致该引物扩增出来的产物梯度性的相差一个碱基,

 峰图特征:在峰图上表现为

标签:

DNA

测序

峰图

序列

克隆

碱基

缺失

杂谈

分类: 测序常见问题分析

碱基缺失其实是双模板的一种特殊形态,某一样品在某一碱基后包含两类片段,其中一条片段比另一条片段少(或多)几bp或几十bp,因此在峰图上表现为从某处开始为两个峰的叠加,碱基缺失多发生在PCR测序中,并在峰图上表现出一定的规律。

1.单碱基缺失

 

标签:

DNA

测序

峰图

poly

结构

杂谈

分类: 测序常见问题分析

PolyA/T结构通常致其后的峰图出现重叠峰,PolyG/C 结构通常致其后的峰图出现信号衰减。Poly结构是导致测序失败最常见的原因之一,目前还没有非常有效的方法彻底解决Poly结构的影响,但一般而言,PCR样品Poly结构后双峰的概率非常高,而菌液中Poly结构对测序结果的影响较少或没有。

解决办法:

 

标签:

dnastar

测序

序列拼接

峰图

杂谈

分类: 生物软件的使用
启动Seqman,点击面板中的Add sequence 按钮添加将要拼接的序列

选中目标序列,点击Add--Done导入目标序列

DNAstar 软件的使用(三)Seqman拼接序列 - 唐明智 - 唐明智的博客 

如果导入的是峰图文件,可以双击文件名会弹出峰形图,通过移动黑色的分隔线可以去除测序质量不高的区域(黄色区域),从而避免在拼接过程中产生模棱两可的数据。

DNAstar 软件的使用(三)Seqman拼接序列 - 唐明智 - 唐明智的博客
(2011-05-07 21:02)
标签:

dna

测序

峰图

序列

杂谈

分类: 测序常见问题分析

测序公司发送的测序结果一般有一个峰图文件和一个序列文件,峰图文件为Abi格式,用chromas软件(网上可下载)打开.

四种颜色的波形代表四种碱基的信号强度;
    正常的峰图,波峰与波谷清晰,峰与峰之间的距离均匀;
    比较理想的测序结果在底部应该没有杂峰干扰;

 
测序结果的前几十bp不能用指的是下图中黄色区域标出的区域;
    在拼接序列或序列比对时需要先去除这部分不太可靠的数据,以免影响分析结果;

在使用PCR产物测序时由于PCR引物上的碱基是不带染料的,所以检测不到信号,在

  

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