pymnet是python画多层网络图的一个模块。

pymnet模块主页：

http://mkivela.com/pymnet/index.html

http://mkivela.com/pymnet/tutorial.html​

第一作者主页：http://www.mkivela.com/​

文章：

https://academic.oup.com/comnet/article/2/3/203/2841130/Multilayer-networks​

安装：

1. 下载源代码：

官网： https://bitbucket.org/bolozna/multilayer-networks-library/src​​

           http://people.maths.ox.ac.uk/kivela/mln_library/installing.html

GitHub：https://github.com/tak-wah/Epidemic/tree/master/multilayer-networks-library

2. 运行： $ python setup.py install

示例：

​http://mkivel

1.

import random

r = lambda: random.randint(0,255)

print('#XXX' % (r(),r(),r()))

2.

import random

color ='#x' % random.randint(0,0xFFFFFF)

​

3. 生成随机 3字符颜色：

import random

color ='#x' % random.randint(0,0xFFF)

​

4.

import random

chars = '0123456789ABCDEF'

['#'+''.join(sample(chars,6)) for i in range(N)]

5.

from random import ​choice

color_sequence = ['#1f77b4', '#aec7e8', '#ff7f0e', '#ffbb78', '#2ca02c', '#98df8a', '#d62728', '#ff9896', '#9467bd', '#c5b0d5', '#

1. [takwah@Tak-Wah 02:59:42 /home/takwah~$] sudo apt-get update

get:

W: Failed to fetch http://ppa.launchpad.net/ubuntu-wine/ppa/ubuntu/dists/trusty/main/binary-i386/Packages  Hash Sum mismatch

W: Failed to fetch http://ppa.launchpad.net/ubuntu-wine/ppa/ubuntu/dists/trusty/main/i18n/Translation-en  Hash Sum mismatch

W: Failed to fetch http://ppa.launchpad.net/wine/wine-builds/ubuntu/dists/trusty/main/binary-amd64/Packages  Hash Sum mismatch

W: Failed to fetch http://ppa.launchpad.net/wine/wine-builds/ubuntu/dists/trusty/main/binary-i386/Packages  Hash Sum mismatch

E: Some index files failed to download. They have been ignored, or old ones used instead.​

2. 移除PPA仓库​.

[t

由字符TF组成的字符串，如：'TTFTTTFFFFTFFTT'能计算连续相同字符的个数，

eg1   返回：T2, F1, T3, F4, T1, F2, T2

eg2   返回：['TT', 'F', 'TTT', 'FFFF', 'T', 'FF', 'TT']

python 代码：​


My example:

>>> list1 = ['a','b','c']

>>> list2 = ['d','b','c','a']

>>> set(list1).issubset(set(list2))

True

#!/bin/bash

cat SNP.txt | while read line;do

grep --color=auto '$line' AllChr.impute.vcf >> signSNPs.vcf

done

### 根据SNP.txt文件提取到AllChr.impute.vcf文件中含有其内容的行。

例如SNP.txt文件中chr16:53570243出现在AllChr.impute.vcf文件中行内容被写入signSNPs.vcf文件中。

1、Linux里切割大文件的命令如下：

split [OPTION] [INPUT [PREFIX]] 

选项如下：

-a : 指定后缀长度

-b : 每个文件多少字节

-d : 使用数字后缀而不是字母

-l : 指定每个文件的行数

2、比如我想让后缀长度为 2，即 -a 2。用数字后缀 -d。每个文件 10M，即 -b 10m。命令可以设计如下：

split -a 2 -d -b 10m OriginalFiles.log NewFiles.log​

会在 /root 文件夹下生成下面的切割文件：

NewFiles.log00 ​

NewFiles.log01 ​

NewFiles.log02 ​

......​

然而，得到的文件名称并不令我满意，我的目标是：NewFiles_

Haploview需要导入数据的格式（linkage格式）

Haploview的第一个主界面的linkage格式需要输入两个文件，点击左侧的Linkage Fofmat就会看到有两个导入文件的地方，一个是Data File，另一个是Locus Information File。下面详细的介绍一下这两个数据的格式，我们以Haploview自带的数据文件为例。在haploview安装的目录下（一般为C:\Program Files\HaploView）有两个数据文件：（1）sample.ped (2)sample.info。 具体就是Data File处导入sample.ped文件，Locus Information File处导入sample.info数据。当然两个文件的扩展名你可以自己随意的起，Haploview有一个默认关联，即：如果你的两文件主要名称一样（比如chrom），扩展名分别为ped (chrom.ped)和info (chrom.info)，则只要导入ped文件，haploview会自动导入info