1861年同书被召至北京。同治元年正月初十（1862年2月），曾国藩上《参翁同书片》，帝以为“贻误取巧，苟且偷生”，王大臣拟绞监候（即死缓）。《清史稿》载：“……同治一年正月，丙午（日），前安徽巡抚翁同书以失寿州、定远，褫职逮问，寻论斩。”后因翁心存病故，皇帝给翁家一个面子，改谪戍新疆，同治三年（1864），赴陕西围剿回民，得赏四品衔，同治四年（1865年）12月14日因患痢疾病逝，谥文勤。
    由此看来，翁同龢“整顿”李鸿章之心由来已久，只是没有合适的时间，在时隔30年后终于天赐良机，园了其夙愿。真应了中国一句古话“君子报仇，十年不晚”，但帝师就是帝师，竟然一等就是三十个年头，可见其城府之深。李大人栽在此人手里，我想也该不会有太多怨言吧？虽然战后朝廷和国民将战争失败、签订《马关条约》的罪名一股脑全扣在李大人头上，“70老翁蒙汉奸之恶名，几有求死不得，求死不能之势”。即便是背这卖国贼的罪名赋闲在家，针对老人家的非难和野蛮进攻也一度不曾停过，老翁屈哉！老翁冤哉！
    如果战前翁同龢抛弃私人恩怨，以国家为重，现实地和李鸿章一起反战的话，那么就不会有后来的《马关条约》了。只可惜历史是不能假设的，但即便不能假设，最起码还历史一个清白是可以的吧！我的结论，如果说甲午战争中造就一个“卖国贼”的话，那么就100个不应该是李鸿章，而是翁同龢——那个混帐窝囊废的弟弟。

今人都知道，从战争爆发到必然地失败再到赴日谈判直至签订《马关条约》,李鸿章被搞的焦头烂额，首尾不顾，臭名昭著，内外非人。而这却恰恰正是翁同龢所想要的。那为什么翁同龢置国家利益所不顾而要极力主战呢？且看王伯恭（层任袁世凯秘书）所著《蜷庐随笔》记载：“我去见翁同龢，向他力陈主战的错误......翁同龢说‘我正想让他（指李鸿章）到战场上试一试，看他到底是骡子是马，将来就有整顿他的余地了！’”
    不难看出，翁同龢在明知中国无力取胜的情况下，卖力鼓动参战的真实目的是用中日甲午战争借日本人之手来“整顿”李鸿章，好一个帝师翁同龢！不知李大人可有开罪与你之处？原来，李大人在1862年曾上奏弹劾过翁的长兄（翁同书）在抵抗太平军时曾弃城逃跑，被咸丰批示为“拟斩监候”，且看此窝囊废之简历：
翁同书（1810——1865），字祖庚，江苏常熟人，晚清大臣。同治太傅翁心存长子，光绪帝太傅翁同龢长兄。
道光二十年（1840）进士，授翰林院编修，曾任贵州学政。咸丰初年，太平军事起，被派往江南大营襄办军务，辅佐琦善、托明阿、德兴阿，曾是两江总督曾国藩的部下。咸丰八年任安徽巡抚，驻定远城。误抚江北练首苗沛霖，坐视苗沛霖乱杀平民。
苗沛霖暗中与陈玉成勾结，翁同书又被太平军包围，七月，退守定远，“待援不至，待饷不来”，九年六月文武官绅殉难甚众，同书弃城逃跑。寿州邑绅孙家泰、徐立壮奏苗沛霖跋扈，苗沛霖大怒，咸丰十一年（1861年）五月，苗沛霖发兵攻寿州，清廷饬令同书配合袁甲三共同查办苗沛霖，反复无常的苗沛霖又暗中与钦差大臣胜保勾搭，被困寿州城的翁同书以“通捻”为由，将徐立壮处死，囚禁孙家泰。事后苗沛霖仍攻城不止。苗沛霖破城后，又杀孙家泰全家。苗沛霖再次投清。
    

    １８９４年春，朝鲜爆发东学党农民起义，朝鲜政府请求中国出兵帮助镇压。日本政府表示对中国出兵“决无他意”。但当清军入朝时，日本以保护使馆和侨民等为名大军入朝，于7月25日突袭中国北洋舰队，挑起中日甲午战争。战争打响后，两国海军进行了黄海大战。陆上战斗军从朝鲜打到奉天（今辽宁），占领大片领土。１８９５年（光绪二十一年）初又侵占山东威海。清政府无心抗战，一再求和，最后派直隶总督李鸿章为头等全权大臣前往日本马关，与日本全权代表、总理大臣伊藤博文和外务大臣陆奥宗光议和。
　　３月２０日双方在春帆楼会见。李鸿章要求议和之前先行停战，日方提出包括占领天津等地在内的4项苛刻条件，迫使李鸿章撤回了停战要求。２４日会议后，李鸿章回使馆途中突然被日本浪人刺伤。日本担心造成第三国干涉的借口，自动宣布承诺休战，３０日双方签订休战条约，休战期２１天，休战范围限于奉天、直隶、山东各地。此时日军已占领澎湖，造成威胁台湾之势，停战把这个地区除外，保持了日本在这里的军事压力。４月１日，日方提出十分苛刻的议和条款。李鸿章乞求降低条件。１０日，日方提出最后修正案，要中方明确表示是否接受，不许再讨论。在日本威逼下，清政府只得接受。４月１７日，李鸿章签订丧权辱国的《马关条约》。
       至此，我们可以看到为什么李鸿章从此被历史钉在“卖国贼”的耻辱柱上了。但是在战前，也就是1894年日本侵略朝鲜时，大清国要不要出兵便在以李鸿章、慈禧为首的反战派和以光绪、翁同龢为首的主战派之间展开并不算激烈的争论。大家知道，是年慈禧太后六十岁，她盼望从速结束战争，以免耽误她大办60“大寿”庆典，因此倾向和议，但迫于清议，一时尚不敢公然主和。而北洋水师的缔造者李鸿章则明确表示，我水师取胜的几率几乎为零，“不可轻开衅端”。但当时最受宠信的大臣、光绪的老师翁同龢以“爱国”为由，极力主战，且卖力地游说、宣扬、鼓吹战之益。最后，主战派将反战派扫入懦弱、逃跑主义的垃圾堆而获胜，从而导致中日甲午战爆发。