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分类
博文
(2017-11-07 09:26)
标签:

365

生物

na-seq数据

stringtie

分类: bio_software
使用stringtie -p 16 -G
合并各个样本的转录组的时候,出现以下报错:
WARNING: no reference transcripts were found for the genomic sequences where reads were mapped!
Please make sure the -G annotation file uses the same naming convention for the genome sequence
前面的步骤都oK, naming convention则告诉我们在annotation  file和我们的genome sequence的名字不匹配,检查发现:
cat scafford.fa |head -n 1 #查看第一行的序列名字
>scaffordname|scaffordsize
而本人的annotation_file.gtf的scafford的名字成分是scaffordname,没有scaffordsize的部分,
解决方案:1.将genome sequence(scafford.fa)的>scaffordname|scaffordsize —> >scaffordname形式 ###
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      高通量测序的方式主要有:单端测序paired-end/mate-paired(PE/MP)测序 [8] 。当要进行多 个样品同时测序时可以给不同的样品添加不同接头,混合后一起测序。
       其中单端测序就是将 基因组随机打断后,对每个片段的进行测序。该方式建库简单,操作步骤少,常用于小基因 组、转录组、宏基因组测序。
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heatmap

r

热图

生物

分类: bio_software

个人认为这个heatmap实例讲解得非常清楚,他是采用了bioconductor的ALL$mol.biol数据,其中较为关键的是利用limma的lmFit function筛选差异差异表达基因

http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/people/students/peter_cock/r/heatmap

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生物

r

heatmap

热图

分类: bio_software
上网查的时候,感觉关于R画图的热图的博文或者其他文档很多,因为菜,个人感觉看得不是很明白,就做个学习总结,
引用http://tech.sina.com.cn/roll/2017-06-15/doc-ifyhfhrt4328425.shtml
关于R中画热图的R包有:
1.heatmap():用于绘制简单热图的函数
 2.heatmap.2():绘制增强热图的函数
3.d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包
4.ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的R&bioconductor包(非常适用于基因组数据分析)
准备:
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生物

r

heatmap

热图

分类: bio_software
上网查的时候,感觉关于R画图的热图的博文或者其他文档很多,因为菜,个人感觉看得不是很明白,就做个学习总结,
引用http://tech.sina.com.cn/roll/2017-06-15/doc-ifyhfhrt4328425.shtml
关于R中画热图的R包有:
1.heatmap():用于绘制简单热图的函数
 2.heatmap.2():绘制增强热图的函数
3.d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包
4.ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的R&bioconductor包(非常适用于基因组数据分析)
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生物

na-seq数据

去接头

关于RNA-Seq数据去接头(Adapter)这事需要讲一讲

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分类: bio_software
原文地址:BLAT 系列软件使用1作者:红倩儿
BLAT Suite Program Specifications and User Guide General:

Blat produces two major classes of alignments: at the DNA level between two sequences that are of 95% or greater identity, but which may include large inserts, and at the protein or translated DNA level between sequences that are of 80% or greater identity and may also include large inserts.

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基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别非编码RNA的预测基因结构预测基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。
 
1 重复序列的识别。
 
    1.1  重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列(Interpers
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生物

重复序列

分类

    重复序列:串联重复序列和散在重复序列

一、卫星重复序列
       又称串联重复序列,常集中的分布在基因组上特定的位置。
依据其单元的长度分类:
   1. 巨型卫星重复序列:上千碱基对,少见,D定位定的着丝粒;
   2.卫星重复序列:一百到几百个碱基对,存在广泛,物种间差异大,常出现在近端粒、着丝粒和近着丝粒区域;
      2.1 可分为:定的着丝粒重复序列、近端粒卫星重复序列、近
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(2017-05-23 21:55)
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it

网页来源:http://blog.csdn.net/xiyangfan/article/details/5321790
源码的安装一般由3个步骤组成:配置(configure)、编译(make)、安装(make install),具体的安装方法一般作者都会给出文档,这里主要讨论配置(configure)。Configure是一个可执行脚本,它有很多选项,使用命令./configure –help输出详细的选项列表,如下:
-bash-3.00# ./configure --help
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