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amber

分子动力学

云计算平台

分类: 案例分享

用途

使用Amber 20程序执行有机生物体系的常规平衡态分子动力学模拟,可采用显式溶剂模型和隐式溶剂模型(GB模型)。

预备知识

Amber mask

 

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云计算平台

amber

分子动力学

分类: 成果展示

用途

为Amber分子动力学模拟准备所需的拓扑和坐标文件。支持生物大分子、有机小分子体系,暂不支持膜蛋白。

预备知识

溶剂模型

 

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云计算平台

分子对接

结合位点

口袋

分类: 话题精选

用途

采用GHECOM等算法识别蛋白质/核酸中潜在的小分子结合位点,输出文件可用于分子对接定义口袋。

入口

 

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云计算平台

构象搜索

ecd/nmr

过渡态搜索

活性构象生成

分类: 成果展示

概述

研究分子构象对于了解化合物结构、反应机理、能量分布等方面非常重要,在ECD/NMR计算、过渡态搜索、活性构象生成等许多计算研究中,通常是必不可少的步骤。本方案提供3种构象搜索算法以应对各种类型的有机小分子化学结构:系统搜索(Systematic Search)

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蛋白相互作用预测

蛋白质晶体结构

分子对接

药物设计

云计算平台

分类: 成果展示

用途

使用Autodock Vina程序进行分子对接计算,研究小分子与小分子(主-客体)的结合模式与相互作用。例如,研究环糊精与药物小分子的包埋、两个有机小分子之间的相互作用、药物小分子在聚酰胺膜表面的结合。

预备知识

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蛋白相互作用预测

分子对接

药物设计

云计算平台

蛋白质晶体结构

分类: 成果展示

用途

使用UCSF DOCK 6.9程序进行分子对接计算,研究小分子与小分子(主-客体)的结合模式与相互作用。例如,研究环糊精与药物小分子的包埋、药物小分子在聚酰胺膜表面的结合。

注意:两个简单小分子之间可能因无法生成小球、定义口袋而无

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分子对接

药物设计

云计算平台

蛋白相互作用预测

分类: 成果展示

用途

使用Autodock Vina程序进行分子对接计算,研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。

预备知识

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    分子对接

    药物设计

    云计算平台

    蛋白相互作用预测

    分类: 成果展示

    用途

    使用UCSF DOCK 6.9程序进行分子对接计算,研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。

    预备知识

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      云计算平台

      药物设计

      分子对接

      分类: 话题精选

      近日,我司收到由广东省科学院技术厅、广东省财政厅、国家税务总局广东省税务局联合颁发的“高新技术企业”证书,成为全国高新技术企业之一。

      我司将坚持“科技引领创新,专业提升效率”的理念,继续加大研发队伍建设,提升服务水平,为广大客户提供更加便捷、实惠的生物医药云计算平台。

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