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分子动力学云计算平台分子对接结合位点amber |
分类: 跟我学药物设计 |
跟我学药物设计 | 药物研发的过程和药物设计的意义
殷赋科技
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amber分子动力学云计算平台 |
分类: 案例分享 |
使用Amber 20程序执行有机生物体系的常规平衡态分子动力学模拟,可采用显式溶剂模型和隐式溶剂模型(GB模型)。
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云计算平台构象搜索ecd/nmr过渡态搜索活性构象生成 |
分类: 成果展示 |
研究分子构象对于了解化合物结构、反应机理、能量分布等方面非常重要,在ECD/NMR计算、过渡态搜索、活性构象生成等许多计算研究中,通常是必不可少的步骤。本方案提供3种构象搜索算法以应对各种类型的有机小分子化学结构:系统搜索(Systematic
Search)
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蛋白相互作用预测蛋白质晶体结构分子对接药物设计云计算平台 |
分类: 成果展示 |
使用Autodock Vina程序进行分子对接计算,研究小分子与小分子(主-客体)的结合模式与相互作用。例如,研究环糊精与药物小分子的包埋、两个有机小分子之间的相互作用、药物小分子在聚酰胺膜表面的结合。
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蛋白相互作用预测分子对接药物设计云计算平台蛋白质晶体结构 |
分类: 成果展示 |
使用UCSF DOCK 6.9程序进行分子对接计算,研究小分子与小分子(主-客体)的结合模式与相互作用。例如,研究环糊精与药物小分子的包埋、药物小分子在聚酰胺膜表面的结合。
注意:两个简单小分子之间可能因无法生成小球、定义口袋而无
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分子对接药物设计云计算平台蛋白相互作用预测 |
分类: 成果展示 |
使用Autodock Vina程序进行分子对接计算,研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。
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分子对接氨基酸moe官能团薛定谔 |
分类: 话题精选 |
A:对接的时候,小分子与蛋白的活性位点是怎么选呢?参照文献么?选择的时候,活性位点有很多,是选择什么样的位点对接呢?
B:先分析你的化合物
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药物发现蛋白质结构蛋白质晶体 |
分类: 话题精选 |
在药物设计中,蛋白质晶体学的一个重要方向是测定蛋白质—配体复合物的晶体结构。如果配体是相对较小的分子,通常可以通过将不含有配体的蛋白质浸泡在含有配体的母液中来获得复合物的晶体结构。蛋白质晶体中含有溶剂通道,通常足够大,允许配体扩散到其结合位点。浸泡实验需要的化合物很少(1 μmol化合物通常足够),但化合物在结晶条件下的溶解度通常是一个问题。
由于晶体的高蛋白质含量特性,通常要求配体浓度在0.5-5.0 mM范围内。经典的浸泡实验方案一般使用在合适的有机溶剂(如二甲基亚砜)中制备
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ledahitadme高通量筛选cro |
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先导化合物的发现是把从筛选中发现的“苗头化合物(hits)”变成可以进一步优化的“先导化合物”的过程。先导化合物可能是筛选出的一个苗头化合物或者一系列的同系物,也可能是来源于文献的化合物。但是对于高通量筛选,可能会产生离散的、
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计算服务健康科研生物医药ecd计算 |
分类: 成果展示 |