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以下是小殷整理的聊天记录。

预测蛋白相互作用的软件

A:想请问一下预测两个蛋白之间的相互作用有什么方法吗?

殷赋科技:用蛋白-蛋白对接方法。蛋白-蛋白对接有好多软件都可以做,比如ZDOCK(Discovery Studio里边也整合了这个软件)、Hex、Rosetta。我们平台将来也会上线这个功能。

 

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以下内容来自殷赋学术交流群,由小殷收集整理,希望对大家有所帮助。

虚拟筛选相关

A:问一下,贵公司有没有关于虚拟筛选的在线培训课程?

小殷 :没有呢。不过今年平台会上线虚拟筛选功能,届时会针对此功能进行免费培训。

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(2019-04-17 10:35)
标签:

分子对接

dock6

pymol

分类: 案例分享

 1.项目说明

采用分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式(图1)。

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为了方便广大朋友学习、交流、咨询生物医药科研相关信息,殷赋科技创建了微信群(群名:殷赋学术交流群),欢迎大家踊跃入群。

宗旨:

 

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前言

上一期,小编教大家使用殷赋云计算平台(http://cloud.yinfotek.com)重现了一篇2018年文献《【文献重现】D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究》的分子对接计算结果。然而,要发表高质量SCI文章,还需要制作高质量的Figure。本期,我将带大家使用PyMOL软件(搭配Photoshop、MS Powerpoint)绘制D715-2441与PB2cap的结合模式图。

我们先来看一张成品图:

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【前言】

从本期起,小编将带领大家使用殷赋云计算平台(http://cloud.yinfotek.com/)来做一系列计算“文章”。这一期咱们来重现一篇2018年文献[1]的计算结果,看看作者是如何运用分子对接技术来阐明机理、升华文章的。该文献影响因子4.6,是典型

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蛋白质 – 配体复合物的结晶

在药物设计中,蛋白质晶体学的一个重要方向是测定蛋白质—配体复合物的晶体结构。如果配体是相对较小的分子,通常可以通过将不含有配体的蛋白质浸泡在含有配体的母液中来获得复合物的晶体结构。蛋白质晶体中含有溶剂通道,通常足够大,允许配体扩散到其结合位点。浸泡实验需要的化合物很少(1 μmol化合物通常足够),但化合物在结晶条件下的溶解度通常是一个问题。

由于晶体的高蛋白质含量特性,通常要求配体浓度在0.5-5.0 mM范围内。经典的浸泡实验方案一般使用在合适的有机溶剂(如二甲基亚砜)中制备

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蛋白质晶体学基本原理和方法

1、什么是蛋白质晶体?

 

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分类: 话题精选

蛋白质晶体结构对药物发现的贡献:

治疗镰状细胞疾病的药物是第一类通过X射线分方法分析蛋白-小分子结合模式的药物。这些开创性研究激发了通过基于结构的方法设计改进化合物的首次尝试。不久之后,通过这种研究方法,开发出卡托普利,一种抗高血压药物,也是市场上销售的第一种口服的血管紧张素转换酶(ACE)抑制剂。这为药物研究开创了一个新纪元,也是第一次,药物是根据蛋白质晶体结构信息进行合理设计,因此提供了基于结构的方法的有效性的第一个有力证明。

有趣的是,卡托普利(下图a)

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