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分子动力学

云计算平台

分子对接

结合位点

amber

分类: 跟我学药物设计

我学药物设计 | 药物研发的过程和药物设计的意义

殷赋  殷赋科技

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amber

分子动力学

云计算平台

分类: 案例分享

用途

使用Amber 20程序执行有机生物体系的常规平衡态分子动力学模拟,可采用显式溶剂模型和隐式溶剂模型(GB模型)。

预备知识

Amber mask

 

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云计算平台

构象搜索

ecd/nmr

过渡态搜索

活性构象生成

分类: 成果展示

概述

研究分子构象对于了解化合物结构、反应机理、能量分布等方面非常重要,在ECD/NMR计算、过渡态搜索、活性构象生成等许多计算研究中,通常是必不可少的步骤。本方案提供3种构象搜索算法以应对各种类型的有机小分子化学结构:系统搜索(Systematic Search)

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蛋白相互作用预测

蛋白质晶体结构

分子对接

药物设计

云计算平台

分类: 成果展示

用途

使用Autodock Vina程序进行分子对接计算,研究小分子与小分子(主-客体)的结合模式与相互作用。例如,研究环糊精与药物小分子的包埋、两个有机小分子之间的相互作用、药物小分子在聚酰胺膜表面的结合。

预备知识

标签:

蛋白相互作用预测

分子对接

药物设计

云计算平台

蛋白质晶体结构

分类: 成果展示

用途

使用UCSF DOCK 6.9程序进行分子对接计算,研究小分子与小分子(主-客体)的结合模式与相互作用。例如,研究环糊精与药物小分子的包埋、药物小分子在聚酰胺膜表面的结合。

注意:两个简单小分子之间可能因无法生成小球、定义口袋而无

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分子对接

药物设计

云计算平台

蛋白相互作用预测

分类: 成果展示

用途

使用Autodock Vina程序进行分子对接计算,研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。

预备知识

    标签:

    分子对接

    氨基酸

    moe

    官能团

    薛定谔

    分类: 话题精选

    1

    A:对接的时候,小分子与蛋白的活性位点是怎么选呢?参照文献么?选择的时候,活性位点有很多,是选择什么样的位点对接呢?

    B:先分析你的化合物

    标签:

    药物发现

    蛋白质结构

    蛋白质晶体

    分类: 话题精选

    蛋白质 – 配体复合物的结晶

    在药物设计中,蛋白质晶体学的一个重要方向是测定蛋白质—配体复合物的晶体结构。如果配体是相对较小的分子,通常可以通过将不含有配体的蛋白质浸泡在含有配体的母液中来获得复合物的晶体结构。蛋白质晶体中含有溶剂通道,通常足够大,允许配体扩散到其结合位点。浸泡实验需要的化合物很少(1 μmol化合物通常足够),但化合物在结晶条件下的溶解度通常是一个问题。

    由于晶体的高蛋白质含量特性,通常要求配体浓度在0.5-5.0 mM范围内。经典的浸泡实验方案一般使用在合适的有机溶剂(如二甲基亚砜)中制备

    标签:

    leda

    hit

    adme

    高通量筛选

    cro

    先导化合物(Leads)的发现

     

    http://www.yinfotek.com/wp-content/uploads/2018/08/1-3.jpg

    先导化合物的发现是把从筛选中发现的“苗头化合物(hits)”变成可以进一步优化的“先导化合物”的过程。先导化合物可能是筛选出的一个苗头化合物或者一系列的同系物,也可能是来源于文献的化合物。但是对于高通量筛选,可能会产生离散的、

    标签:

    计算服务

    健康

    科研

    生物医药

    ecd计算

    分类: 成果展示
    研究者通过提纯分离技术从鸢尾花(Iris tectorum)的根茎中获得了四个具有从未报道过的α-松油醇结构的鸢尾醛类(iridals)化合物A-D。使用HRESIMS、UV、IR和NMR技术等一系列技术,研究者们确认了化合物的化学结构,又根据NOESY谱,进一步确定其相对构型。

    然而,由于化合物包含了太多手性中心,通过文献报道的X衍射分析、化学降解、生物合成通路分析以及改进的Mosher方法,研究者们仅确定了大多数手性中心的绝对构型。而针对该全新α-松油醇结构的X射线衍射晶体测定实验不成功,C16和C23两个手性中心的绝对构型就成了谜团。为此,研究者们求助于量化计算电子圆二色谱(ECD)与实验数值的比较分析[1]。

    如今,这一计算辅助确证化合物绝对构型的技术已成为当今流行的方法。计算ECD谱辅助化合物绝对构型确证的思路很简单,即通过比较各构型计算得到的ECD谱与实验ECD谱,图谱最吻合的构型即为化合物的绝对构型。尽管如此
      

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