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分类: 生物信息

SVG制作矢量图。

先介绍下我们用到的软件有 photoshop和SVGDeveloper。

svg软件下载地址http://www.onlinedown.net/soft/53054.htm,注册机可以联系我企鹅:441445404。

其中用到的地图模板是从 http://travel.rakuten.com.tw/gb_map.html

              

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分类: PHP

    PHP新手在准备正式开始写PHP代码的时候,不幸的是被PHP的开发环境的安装挡住了。豆芽推荐PHP新手最好是用的PHP集成开发环境,等到自己的PHP知识比较了解后再自己分别下载环境,挨个安装就变得很容易了。

    我相信PHP新手的手上多多少少有几本PHP方面的资料,而这些资料中如果是初级的话基本在第一章都是给大家介绍PHP环境的安装,即使我们照着书上的步骤一步步的安

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(2016-07-05 16:11)
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分类: 生物信息
原文地址:GATK使用(二)作者:imitosis

2014-06-12更新

GATK推出了3.x版本。Varant Calling方式变动很大。

详见博文http://blog.sina.com.cn/s/blog_681aaa550101ktir.html

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(2016-07-05 16:11)
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分类: 生物信息
原文地址:GATK使用(一)作者:imitosis
  首先说说GATK可以做什么。它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling,包括SNP、INDEL。比如现在风行的exome sequencing找variant,一般通过BWA+GATK的pipeline进行数据分析。
 run GATK,首先得了解它的网站(http://www.broadinstitute.org/gatk/)。

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分类: 生物信息
转自----http://hi.baidu.com/lidaof/blog/item/9466b1d311fcc738960a160c.html
与之前的blast相比,新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来,对各个命令的参数定制更加方便

个人在使用blastn的过程中总结了一些自认为常用的参数,总结如下:

blastn -db database_name -query input_file -out output_file -evalue evalue -max_target_seqs num_sequences -num_threads int_value -outfmt format fo
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分类: R语言
原文地址:R语言:常用统计检验作者:菜鸟
R语言:常用统计检验方法

写在前面

R已经成为当前国际学术界最流行的统计和绘图软件之一,该语言较为简单易学,统计分析功能强大,且具有很强的绘图功能,能够绘制学术出版要求的多种图表.R语言在生物信息学,进化生物学、生态学与环境、经济学、语言学等领域有着极为广泛的应用。

R软件是跨平台的,可以在Linux, MacOs, Wind

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原文地址:每日一生信--hmmer作者:铁汉1990
    HMMER可以用来在数据库中搜索蛋白或DNA序列的同源物,并且做序列比对。HMMER可以仅仅用来在数据库中查询序列,但因为可以在做多重序列家族的比对而变得更加强大。HMMER给替换,插入。删除突变设置了一个位置特异性评分系统的查询文件。HMMER框架是一个叫做“隐形马尔可夫模型”的概率性模型。
跟BLAST,FASTA和一些的彼得序列比对和基于老的评分方法的数据库搜素相比,HMMER的目的是更准确和更能删掉院同源物,因为他强大的概率模型。在过去,这个优势是需要很强高的电脑计算能
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分类: 生物信息

更新:由于问问题的人较多,也没太多时间去一一回复,如果有需求的同学或者老师,本人可有偿代为完成相关分析,Email:bioinforservice@gmail.com,望理解。

 

    一直都想总结一下,以前自己做过、用过的一些东西,仔细一想,又不知

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(2016-03-30 16:49)
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分类: 生物信息
原文地址:Fastq格式作者:Krebs

PS:最近想了解些第二代测序,拼接相关的东西。。一拿到数据。。根本看不懂。。后缀.fq。很自然想到Fastq,上网找了些资料,用程序一读。。果然能对上。。

下面简单介绍下Fastq格式:

作者写的已经很详细:

--------原文地址:http://yixf.72pines.com/2011/02/13/fastq格式/-----

Fastq格式是用来保存第二代测序数据的格式,其中同时包含了测序序列与测序质量,而且序列本身和测序质量都以单个的ASCII字符来表示。Fastq没有标准的后缀名,一般使用“.fq”或者“.fastq”,当然

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分类: perl

删除文件 
 perl 中用 unlink 操作符删除文件,同 shell  rm 命令一样。

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