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分类: 他山之玉--生信
相关网络(correlation network)
共表达权重网络(co-expression_r weighted network)是一个无向有度(undirected, weighed network)的网络。一般分为两种网络:
unsigned网络中,相关度为
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分类: 他山之玉--科研

Gi号
1992年NCBI开始对所有Entrez中的序列使用基因信息号(gi),其中包含从DDBJ/EMBL/GenBank中的核酸序列、根据CDS特征翻译的蛋白质序列以及从SWISS-PROT、PIR、PRE、PDB、专利以及其它得到的蛋白质序列等。Gi是由原数据库提供的另外的SeqId。尽管由于原数据库的不同SeqId的形式和意义不同,但gi在意义和形式上对不同源数据库是相同的。
在形式上,它只是简单的整数(所以有时被称为GI号)。它只是一些特定序列的辨识器。假定一个序列加入GenBank,给定序列号U00001。当该序列在NCBI所内部

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分类: 他山之玉--科研
全基因组重测序数据分析

1. 简介(Introduction)

通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line 突变,结构变异-SNV,包括重排突变(deletioin, duplication 以及copy number variation)以及SNP的座位;针对重排突变和SNP的功能性进行综合分析;我们将分析基因功能(包括miRNA),

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分类: 他山之玉--方法

 

    马丁是一个传统的绿色木工,热心推动

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分类: 他山之玉--生信
KEGG API学习笔记(转) 

http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_manual.html

我写这个东西,就是为了给自己一个激励,防止自己半途而废。KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)写的这个API是基于SOAP的,一开始本来打算用C来学习的,试了两天一直没有搞定SOAP客户端怎么弄,只好发个懒,学习Perl吧,以前因为一些机缘,了解一点正则,深感Perl的方便,也正好是个机会。
先搭建环境,在WindowsXP下,先安装了一个ActivePerl,然后进入cm
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分类: 他山之玉--科普
大气!

这个值得学习!

 

饶毅先生在接受新语丝科学精神奖后,发表了即席讲话,全文见上篇博文。随后崔永元先生在微博发表如下评论:

 

饶毅说反对
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分类: 他山之玉--科普
希望更多的盲目者们不要继续盲目下去。。。

   去年《食品化学毒物学》一篇关于转基因玉米致癌的文章,闹得满城风雨,被反转控当做至尊法宝到处传播,在文章发表后不久就有无数科学家对此提出质疑,正式提出反对意见并被《食品化学毒物学》当做读者来信发表的就有10多篇。具体见http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0278691512005637

 

我也发表了一篇博

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分类: 他山之玉--方法

多重检验中的FDR错误控制方法与p-value的校正及Bonferroni校正  

    数据分析中常碰见多重检验问题 (multiple testing).Benjamini于1995年提出一种方法,通过控制FDR(False Discovery Rate)来决定P值的域值. 假设你挑选了R个差异表达的基因,其中有S个是真正有差异表达的,另外有V个其实是没有差异表达
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分类: 他山之玉--科普
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(2013-10-28 22:10)
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教育

分类: 他山之玉--科研
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