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小马颠颠
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分类: NGS
For sv-phasing_linkedreads install on Mac OS
easy_install pandas
easy_install pysam
easy_install pybedtools
# install PyVCF earlier versions for python 2.7.10, the latest version of PyVCF is 0.6.8 for python 3.5
easy_install https://pypi.python.org/packages/8f/c4/e1c71b3e00d2c2a5149933558e088e3a42a27b94620f47f5b2cb861642a8/PyVCF-0.4.5.tar.gz#md5=9122bdf9bbd8c503b8896fe29fa51a95

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分类: R
select(org.Hs.eg.db, keys = 'ENSG00000004866', keytype = 'ENSEMBL', columns = c('SYMBOL','GENENAME','ENTREZID'))

'select()' returned 1:many mapping between keys and columns
          ENSEMBL  SYMBOL                        GENENAME  ENTREZID
1 ENSG00000004866     ST7 suppression of tumorigenicity 7      7982
2 ENSG00000004866 ST7-OT3    ST7 overlapping transcript 3     93655
3 ENSG00000004866 MIR6132                   microRNA 6132 102466616


miR6132竟然跟ST7公用一个ensembl id 奇怪
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分类: R
其实是安装RcppArmadillo的时候报错,原因是g++版本过低(Only g++ version 4.6 or greater can be used with RcppArmadillo.)
解决办法安装一个低版本的RcppArmadillo
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/RcppArmadillo/RcppArmadillo_0.3.930.1.tar.gz
R CMD INSTALL -l $R_LIBS RcppArmadillo_0.3.930.1.tar.gz
然后再安装DESeq2,注意安装过程中不要在升级RcppArmadillo
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分类: R
pathview包从kegg下载的xml文件中,部分entry为type='rectangle' x='1' y='1' width='1' height='1',所以node.info函数在解析xml文件的时候会生成x=1 y=1的记录,从而导致后续png文件生成错误,报错为Error in img[pidx[i, 3]:pidx[i, 4], sel.px, 1:3] : 
  only 0's may be mixed with negative subscripts

 
        link='http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?hsa:10681+hsa:2770+hsa:2771+hsa:2773+hsa:2775+hsa:2782+hsa:2783+hsa:2784+hsa:2785+hsa:2786+hsa:2787+hsa:2788+hsa:2790+hsa:2791+hsa:2792+hsa:2793+hsa:51764+hsa:54331+hsa:55970+hsa:59345+hsa:94235'>
       
             type='rectangle' x='1' y='1' width='1' height='1'/>
   
   
        link='http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?hsa:1268'>
  &nb
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(2017-07-03 21:19)
分类: R
mkdir ~/packages
mkdir ~/src
cd ~/src

wget http://zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz
tar zxvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME/packages
make
make install
cd ~/src

wget http://www.bzip.org/1.0.6/bzip2-1.0.6.tar.gz
tar xzvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
sed -i 's/CFLAGS=-Wall -Winline -O2 -g $(BIGFILES)/CFLAGS=-Wall -fPIC -Winline -O2 -g $(BIGFILES)/g' Makefile
make -f Makefile-libbz2_so
make clean
make
make -n install PREFIX=$HOME/packages
make install PREFIX=$HOME/packages
cd ~/src

wget http://tukaani.org/xz/xz-5.2.2.tar.gz
tar xzvf xz-5.2.2.tar.gz
cd xz-5.2.2
./configure --prefix=$HOME/packages
make -j3
make install
cd ~/
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原文地址:Mothur 的使用作者:向往阳光
1:软件首页为http://www.mothur.org/
2:软件下载地址:http://www.mothur.org/wiki/Download_mothur
3:比对(http://www.mothur.org/wiki/Align.seqs)
3-1:选取参考序列(http://www.mothur.org/wiki/Alignment_database)
目前可供选择的数据库为两个:(1)SILVA(2)GreenGenes
4:该软件已经被广泛使用,如果使用该软件,可以参考这些例子。(http://www.mothur.org/wiki/Analysis_examples),你可以根据你自己的数据类型选择自己合
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分类: linux
矩形图片的左上角为 0 0,以此为原点进行剪切,比如从700 340开始剪切,剪切出一个1000x600的图,代码如下:
 convert pieplot.png -crop 1000x600+700+340  +repage  pieplot_cut.png
更详细的内容见下面的链接
http://www.imagemagick.org/Usage/crop/#crop_viewport
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分类: R
有个package能做但是不够美观,其实用基础函数做很简单,segment画一条白线就可以了代码如下:

barplot(c(10,2,1,1,1,.1),col.axis='white')
axis(side=2,at=c(2,4,6,8,10),labels=c(2,4,6,800,1000))
segments(-2,7.8,1.2,8,col='white',lwd=8)

思路就是这样 可以自己美化
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分类: R

Warning: 无法在貯藏處https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib中读写索引

Warning: 无法在貯藏處https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.2中读写索引

Warning message:

package ‘cgdsr’ is not available (for R version 3.2.0) 


如果出现上面类似的报错,请使用chooseCRANmirror()​ 更换到 USA(CA 1)


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原文地址:【转】qsub命令作者:augsdihh

来自:http://www.cnblogs.com/overmore/archive/2012/05/29/2524824.html

用户通过qsub命令来向系统提交任务,有两种方式提交:脚本方式和命令行方式。(一般情况下,不允许root用户使用qsub命令提交作业)。下面先讲一下用这两种方式提交作业的过程。
脚本方式提交

用户将需要执行的程序或命令写入脚本中,再加入一些必要或者可选的语句,就可以通脚

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