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小马颠颠
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原文地址:Mothur 的使用作者:向往阳光
1:软件首页为http://www.mothur.org/
2:软件下载地址:http://www.mothur.org/wiki/Download_mothur
3:比对(http://www.mothur.org/wiki/Align.seqs)
3-1:选取参考序列(http://www.mothur.org/wiki/Alignment_database)
目前可供选择的数据库为两个:(1)SILVA(2)GreenGenes
4:该软件已经被广泛使用,如果使用该软件,可以参考这些例子。(http://www.mothur.org/wiki/Analysis_examples),你可以根据你自己的数据类型选择自己合
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分类: linux
矩形图片的左上角为 0 0,以此为原点进行剪切,比如从700 340开始剪切,剪切出一个1000x600的图,代码如下:
 convert pieplot.png -crop 1000x600+700+340  +repage  pieplot_cut.png
更详细的内容见下面的链接
http://www.imagemagick.org/Usage/crop/#crop_viewport
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分类: R
有个package能做但是不够美观,其实用基础函数做很简单,segment画一条白线就可以了代码如下:

barplot(c(10,2,1,1,1,.1),col.axis='white')
axis(side=2,at=c(2,4,6,8,10),labels=c(2,4,6,800,1000))
segments(-2,7.8,1.2,8,col='white',lwd=8)

思路就是这样 可以自己美化
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分类: R

Warning: 无法在貯藏處https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib中读写索引

Warning: 无法在貯藏處https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.2中读写索引

Warning message:

package ‘cgdsr’ is not available (for R version 3.2.0) 


如果出现上面类似的报错,请使用chooseCRANmirror()​ 更换到 USA(CA 1)


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原文地址:【转】qsub命令作者:augsdihh

来自:http://www.cnblogs.com/overmore/archive/2012/05/29/2524824.html

用户通过qsub命令来向系统提交任务,有两种方式提交:脚本方式和命令行方式。(一般情况下,不允许root用户使用qsub命令提交作业)。下面先讲一下用这两种方式提交作业的过程。
脚本方式提交

用户将需要执行的程序或命令写入脚本中,再加入一些必要或者可选的语句,就可以通脚

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(2015-06-12 20:12)
分类: R

如果你有一个list,其中每个元素都是GRanges,首先把这个list变成 GRangesList,然后as.data.frame就可以转换成data.frame

a<-data.frame(GRangesList(a)​)

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分类: R

要修改fileEncoding参数为'UTF-8',而不是encoding=“UTF-8”

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分类: linux
第一步是安装 Xcode

打开ssh
'系统偏好设置'->'共享'->'远程登录'打钩
这样就可以在局域网里ssh登录mac了

下载安装XQuartz,ggplot2需要X11 所以要安装这个东西
http://xquartz.macosforge.org/landing/

安装brew
ruby -e '$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)'
安装 wget 否则有些安装会报错43x啥的
brew install wget
添加 homebrew/science 为了安装fastx_toolkit bowtie 等bioinformatics 工具
brew tap homebrew/science
安装 fastx_toolkit
brew install fastx_toolkit

下载安装Java环境
https://support.apple.com/kb/DL1572?viewlocale=
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(2015-03-06 16:06)
分类: linux
安装 sendmail
yum -y install sendmail
启动sendmail服务
service sendmail start

将mail.txt里面的内容发送到我的qq邮箱。没收到?去垃圾邮件里面找找:P
echo 'First mail from server.' > mail.txt
mail -s 'Hello' 283774837@qq.com < mail.txt

echo的内容发送到邮箱
echo -e '$var xxx.sh done.' | mail -s 'XXX' 283774837@qq.com


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(2015-02-12 10:50)
分类: linux

column可以将看上去乱糟糟的tab分割的文件整理成容易阅读的形式,比如

column -t -s $'\t'​ file.txt

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