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小马颠颠
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分类: R


defaults write org.R-project.R force.LANG en_US.UTF-8

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树莓派2系统的安装直接使用NOOBS_v3_1_1,选择第一个desktop和recommend software
系统安装完成后可以不修改repo,速度也不慢

shiny-server安装
安装方法可以参考https://community.rstudio.com/t/setting-up-your-own-shiny-server-rstudio-server-on-a-raspberry-pi-3b/18982
如果遇到later包无法安装(我就是遇到这个问题 好多天没有找到解决方法)请参考下面的方法安装later package

git clone https://github.com/r-lib/later.git
sed -i -e 's/PKG_LIBS = -pthread/PKG_LIBS = -pthread -latomic/g' later/src/Makevars
sudo R CMD INSTALL later

之后git clone shiny-server,完成后下载pandoc-source-code-1.19.2.tar.gz 到shiny-server/external/pandoc,因为默认的安装过程是64位pandoc,树莓派2是32位系统
修改shiny-server/external/pandoc/CMakeLists.txt 文件
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(2019-06-30 23:56)
分类: R

因为后面会报错 configure: error: libcurl >= 7.22.0 library and headers are required with support for https

所以先安装curl

wget https://curl.haxx.se/download/curl-7.61.0.tar.gz

tar -zxvf curl-7.61.0.tar.gz

cd curl-7.61.0/

 

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分类: R
中文用户名真是害死人啊,library()返回路径中有乱码(中文用户名导致)的问题可以通过修改windows中TMP,TEMP两个环境变量解决。比如 C:\users\王强\AppData\Local\Temp 这样的路径在library()等函数调用的时候会返回 C:\users\椹赴鏀禱AppData\Local\Temp 这样的乱码,在设置环境变量的地方修改TMP和TEMP为 C:\users\wangqiang\AppData\Local\Temp 就可以解决了。注意新建相应的文件夹“wangqiang\AppData\Local\Temp”
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分类: R
windows下面新添加一个系统变量 R_MAX_NUM_DLLS 1000 就可以解决
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分类: NGS
For sv-phasing_linkedreads install on Mac OS
easy_install pandas
easy_install pysam
easy_install pybedtools
# install PyVCF earlier versions for python 2.7.10, the latest version of PyVCF is 0.6.8 for python 3.5
easy_install https://pypi.python.org/packages/8f/c4/e1c71b3e00d2c2a5149933558e088e3a42a27b94620f47f5b2cb861642a8/PyVCF-0.4.5.tar.gz#md5=9122bdf9bbd8c503b8896fe29fa51a95

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分类: R
select(org.Hs.eg.db, keys = 'ENSG00000004866', keytype = 'ENSEMBL', columns = c('SYMBOL','GENENAME','ENTREZID'))

'select()' returned 1:many mapping between keys and columns
          ENSEMBL  SYMBOL                        GENENAME  ENTREZID
1 ENSG00000004866     ST7 suppression of tumorigenicity 7      7982
2 ENSG00000004866 ST7-OT3    ST7 overlapping transcript 3     93655
3 ENSG00000004866 MIR6132                   microRNA 6132 102466616


miR6132竟然跟ST7公用一个ensembl id 奇怪
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分类: R
其实是安装RcppArmadillo的时候报错,原因是g++版本过低(Only g++ version 4.6 or greater can be used with RcppArmadillo.)
解决办法安装一个低版本的RcppArmadillo
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/RcppArmadillo/RcppArmadillo_0.3.930.1.tar.gz
R CMD INSTALL -l $R_LIBS RcppArmadillo_0.3.930.1.tar.gz
然后再安装DESeq2,注意安装过程中不要在升级RcppArmadillo
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分类: R
pathview包从kegg下载的xml文件中,部分entry为type='rectangle' x='1' y='1' width='1' height='1',所以node.info函数在解析xml文件的时候会生成x=1 y=1的记录,从而导致后续png文件生成错误,报错为Error in img[pidx[i, 3]:pidx[i, 4], sel.px, 1:3] : 
  only 0's may be mixed with negative subscripts

 
        link='http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?hsa:10681+hsa:2770+hsa:2771+hsa:2773+hsa:2775+hsa:2782+hsa:2783+hsa:2784+hsa:2785+hsa:2786+hsa:2787+hsa:2788+hsa:2790+hsa:2791+hsa:2792+hsa:2793+hsa:51764+hsa:54331+hsa:55970+hsa:59345+hsa:94235'>
       
             type='rectangle' x='1' y='1' width='1' height='1'/>
   
   
        link='http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?hsa:1268'>
  &nb
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(2017-07-03 21:19)
分类: R
mkdir ~/packages
mkdir ~/src
cd ~/src

wget http://zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz
tar zxvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME/packages
make
make install
cd ~/src

wget http://www.bzip.org/1.0.6/bzip2-1.0.6.tar.gz
tar xzvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
sed -i 's/CFLAGS=-Wall -Winline -O2 -g $(BIGFILES)/CFLAGS=-Wall -fPIC -Winline -O2 -g $(BIGFILES)/g' Makefile
make -f Makefile-libbz2_so
make clean
make
make -n install PREFIX=$HOME/packages
make install PREFIX=$HOME/packages
cd ~/src

wget http://tukaani.org/xz/xz-5.2.2.tar.gz
tar xzvf xz-5.2.2.tar.gz
cd xz-5.2.2
./configure --prefix=$HOME/packages
make -j3
make install
cd ~/
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