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Nathan0703
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eggnog-mapper实现功能注释

eggNOG-Mapper介绍

通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因,常见的方法就是BLAST+BLAST2GO, 或者是InterProScan。eggNOG-mapper的作者认为这种方法不够可靠,毕竟你有可能找到的的是旁系同源基因。近期对多个工具的整体评估发现eggNOG(evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups)在区分旁系同源基因和直系同源基因上表现不错,因此基于eggNOG数据库开发了eggNOG-mapper工具,用于对新序列进行功能注释。

eggNOG-mapper的算法实现如下:

第一步:序列比对。首先,每条蛋白序列用HMMER3在整理的eggNOG数据库中搜索。由于每个HMM匹配都和一个功能注释的eggNOG OG对应,这一步就提供了初步的注释信息。之后,每条蛋白序列用phmmer在最佳匹配的HMM对应的一组eggNOG蛋白中进一步搜索。最后,每条序列的最佳匹配结果以 seed ortholog 形式存放,用于获取其他直系同源基因。目前eggNOG HMM数据库中拥有1,911,745个OG,覆盖了1,678种细菌,115种古细菌,238种真核物种以及352种病毒。除了HMMER3外,还而

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Donor剪接位点识别算法与新基因的寻找


摘要:Donor剪接位点的识别,在国际上已经有很多相关的算法,如WMM、WAM等模型。本文主要是应用C语言,将WMM算法独立编写出来,以进一步掌握对Donor剪接位点的认识,并学会利用现有知识初步开发生物信息学相关算法。而对于我们要寻找的新基因序列,则是指在数据库中已经存在,但在蛋白质水平上还没有完全匹配的基因序列,或者是在蛋白质水平上也有完全匹配的但却来自于另一个物种的基因序列。本文同时也介绍寻找新基因的一般流程,并给出实例。

关键词:              Donor剪接位点;WMM模型;新基因;BLAST
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蔷薇类(rosids)和菊类(asterids)是真双子叶植物的两个主干分支,其中蔷薇类包括

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怎样判断newick格式的进化树是有根树,还是无根树?

已有 3662 次阅读 2015-10-9 09:52 |系统分类:

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转载自:http://linxiao.name/2017/06/27/pamlcodeml/

「PAML」分子进化程序包PAML使用入门1-codeml

原文发布日期:20120929

前阵子为了算一些基因的Selec

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linux中的set命令: 'set -e' 与 'set -o pipefail'

zhangyujsj 发布于 12个月前,共有 条评论

工作中经常在shell脚本中看到set的这两个用法,但就像生活中的很多事情,习惯导致忽视,直到出现问题才引起关注。

1. set -e
set命令的-e参数,linux自带的说明如下:
'Exit immediately if simple command exits with non-zero status.'
也就是说,在'set -e'之后出现的代码,一旦出
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分类: 生物信息

注:本文主要讲述基因组测序技术的原理。博文转自huangshujia博客,乃是收集了互联网上相关的资料并加以整理,图片也是从互联网获取。由于测序技术仍在继续发展,博文会根据技术发展做更新。[2018-03-02]

  摘要:从1977年第一代DNA测序技术(Sanger法)1,发展至今数十年时间,测序技术已取得了相当大的发展,从第一代到第三代乃至第四代,测序读长从长到短,再从短到长。虽然就当前形势看来第二代短读长测序技术在全球测序市场上仍然占有着绝对的优势位置,但第三和第四代测序技术也已快速发展着。测序技术的每一次变革,也都对基因组研究,疾病医疗研究,药物研发,育种等

基因组测序、组装与分析总结

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1. 测序前的准备
搜集物种相关信息,比如基因组大小,杂合度,
1.1 获取基因组大小
(2014-06-16 00:12)
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[转]辣椒基因组  

2014-01-22 13:16:24 分类: 遗传与基因组学

  

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