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通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因,常见的方法就是BLAST+BLAST2GO,
或者是InterProScan。eggNOG-mapper的作者认为这种方法不够可靠,毕竟你有可能找到的的是旁系同源基因。近期对多个工具的整体评估发现eggNOG(evolutionary
genealogy of genes: Non-supervised Orthologous
Groups)在区分旁系同源基因和直系同源基因上表现不错,因此基于eggNOG数据库开发了eggNOG-mapper
工具,用于对新序列进行功能注释。
eggNOG-mapper
的算法实现如下:
第一步:序列比对。首先,每条蛋白序列用HMMER3在整理的eggNOG数据库中搜索。由于每个HMM匹配都和一个功能注释的eggNOG
OG对应,这一步就提供了初步的注释信息。之后,每条蛋白序列用phmmer
在最佳匹配的HMM对应的一组eggNOG蛋白中进一步搜索。最后,每条序列的最佳匹配结果以
seed ortholog 形式存放,用于获取其他直系同源基因。目前eggNOG
HMM数据库中拥有1,911,745个OG,覆盖了1,678种细菌,115种古细菌,238种真核物种以及352种病毒。除了HMMER3外,还而
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蔷薇类(rosids)和菊类(asterids)是真双子叶植物的两个主干分支,其中蔷薇类包括
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原文发布日期:20120929
前阵子为了算一些基因的Selec
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zhangyujsj
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摘要:从1977年第一代DNA测序技术(Sanger法)1,发展至今数十年时间,测序技术已取得了相当大的发展,从第一代到第三代乃至第四代,测序读长从长到短,再从短到长。虽然就当前形势看来第二代短读长测序技术在全球测序市场上仍然占有着绝对的优势位置,但第三和第四代测序技术也已快速发展着。测序技术的每一次变革,也都对基因组研究,疾病医疗研究,药物研发,育种等
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2014-01-22 13:16:24|