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plotrix

坐标中断

分类: R

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http://qinqianshan.com/r_code/r_draw/r-plotrix/R


当中的坐标中断一般都使用plotrix库中的axis.break(), gap.plot(), gap.barplot(), gap.boxplot()等几个函数来实现,例:

 

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mothur

16s

分类: 16s分析

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老板不知道从哪弄了一堆肠道微生物的16s高通量数据丢给我,说了一通要求,然后让我分析。而我向来不善于拒绝,秉着“不会,硬着头皮也要弄出来”的原则,开始了回家前一段奇妙的mothur摸索之旅。

question:之前都是用qiime来处理数据,根据barcode来识别序列,给序列编号,同时去掉低质量的片段;而且不拼接。但这批来自苏州某测序公司的数据,既没有给我们barcode也没有给primer。所以有三个问题对我来说是新的:1,去低质量的片段;2双端的拼接;3给每条序列编号。

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sliva

分类: 16s分析

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sliva rRNA数据库(http://www.arb-silva.de/)用来检查和比对RNA序列,既可以针对16S/18S,SSU,也可以针对23S/28S, LSU,包括了Bacteria, Archaea and Eukarya。同时也是ARB的官方指定数据库。

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geom_point

分类: R
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注:因为sina博客无法显示很长的命令,下面的命令都是用个空格切割的额,有的地方会报错,你去掉空格即可

数据集

seqs      WS_bac            DSZ_bac           DSZ_arc            WS_arc

10                                       4.35505

20  &nb

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跨膜结构

tmhmm

分类: 基因预测prediction
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1跨膜蛋白的定义

由双层脂类组成的生物膜结构是细胞的基本构成单元,然而,生物膜的大部分功能是由镶嵌在生物膜中的蛋白质来完成的,膜蛋白决定了生物膜的功能特性,因此,不同类型的生

物膜,其蛋白构成比例有很大的差别,以质量来算,从25%75%

(2014-10-11 17:09)
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nif基因

分类: 生物常见的一些概念及方法

    在固氮菌的基因组中,固氮相关的nif( vnf/anf) 基因都是作为一个或几个基因簇存在的,称为固氮基因簇( nitrogen-fixationgene cluster) 是生物固氮的遗传基础,利用所有已知固氮菌nif 基因簇中的共有基因簇nifHDKENB发现新的可能的固氮菌。目前已知的固氮酶除了常见的由nifHDK

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tkinter

分类: python

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http://qinqianshan.com/python/py_module/matplotlib/

1,创建一个可以点的按钮

>>> def hello():

         print('hello there')

>>> from tkinter import *

>>> tk=Tk()

>>>

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input

print

分类: python

简单的输入:

在交互式环境的提示符>>>下,直接输入代码,按回车,就可以立刻得到代码执行结果。现在,试试输入100+200

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ggplot2

legend

分类: R

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> head(msleep)

                        name      genus  vore        order conservation sleep_total sleep_rem sleep_cycle awake brainwt  bodywt

                   Cheetah   Acinonyx carni    Carnivora           lc        12.1        NA          NA  11.9&nb

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类之间

距离的度量

分类: 数理统计与算法
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系统聚类法不仅需要度量个体与个体之间的距离,还要度量类与类之间的距离。类间距

离被度量出来之后,距离最小的两个小类将首先被合并成为一类。由类间距离定义的不同产

生了不同的系统聚类法。SPSS

  
  

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