加载中…使用Plink将VCF转换为Treemix所需文件。
(2017-03-16 22:12:40)
标签：
生物信息关联分析重测序 |
材料介绍：11个地点的132个个体重测序，获得VCF格式数据，通过Treemix推测迁移事件。
1、使用vcftools将VCF文件转换成.ped（此格式丢失了数据，我换用了.tped格式）或者.tped格式文件；
vcftools --gzvcf DK.vcf.gz
--plink-tped --out DK
此步骤结束，可得到 DK.tfam 和 DK.tped 文件；
此时DK.tfam文件格式为：IID IID 0 0 0 0；每个个体一行；顺序为VCF文件中的个体顺序；
这里需要将格式转换成： FID IID 0 0 0 0；
此时DK.tped文件格式： 0 scaffold36:52 0 52 G G X X:
每个个体2个Allele；顺序排开；
2、使用plink统计allele的频数
plink --tfile DK --freq --noweb --missing
--within pop.cov
其中 pop.cov中定义了每个个体属于哪个群体，格式如下；
FID IID clusterID
Egypt 161 1
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