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Skyline处理DIA数据(三 数据分析步骤2-数据输入)

转载 2016-03-31 19:20:38
标签: skyline dia 模型构建 数据处理 数据输入

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1.1  将谱图库中的肽段导入到目标肽段栏中

点击“View”-->“Spectral library”,跳出对话框如下图:

在这里就展现你所见谱图库中所有肽段的信息,接下来我们勾选“Associate proteins”关联每一段肽属于哪一个蛋白质,然后点击“AddAll”,即可将谱图库中的肽段导入“Targets”一栏中:

在图中标识1中显示的就是你要研究的目标肽段;标识2显示的就是对应的谱图峰的信息;标识3显示的是总体概览,有多少蛋白质,多少肽段,多少母离子和子离子。

1.2 构建反库

点击“Edit”à“Refine”à“Add Decoy Peptides”,跳出对话框如下图:

你可以选择生成反库的方法,这里我们选将targets的肽段反序列(“Reverse Sequence”)作为反库。

1.3 导入DIA数据

点击“File”-->“import”,跳出如下对话框:

点击“OK”选择一个你的DIA数据,然后点击“Open”,跳出如下对话框读取DIA数据:

接下来就是静等,又可以去喝杯茶了~~,等数据导入完毕,可以进行下面的DIA数据分析。

1.4 分析DIA数据

DIA数据导入后会呈现的结果如下图所示:

在图中标识1中,就是你的目标肽段,这时候如果从DIA数据中找到相应的相应的母离子和子离子,而且他们的轨迹很好,这时候左边就会呈现绿点,中等的就会呈现黄点,不好的就会呈现红点;在标识2中就是呈现母离子和子离子的轨迹,标识就是相应的肽段在谱图库里面的峰。由于咱们现在将要使用mProphet算法[2

]对这些离子进行打分判断,分析确定肽段的假阳性率,所以这里面就不对每一个肽段进行人工矫正。如果你要分析的是你感兴趣的那些肽段,那么这时候建议你一个一个肽段的检查,在图中标识2中你可以按住鼠标左键,左右拉动,确定色谱峰的起始和终止的时间点。

接下来我们使用mProphet算法进行分析,点击“Edit”-->“Refine” -->“Reintegrate”,跳出如下对话框:

这里要构建打分模型“Peakscoring model”。在这里,我们勾选“Integrate all peaks”让我们后面建立的模型整合所有的峰;勾选“Add q value annotation”让后面导出的结果中加上qvalue的值;然后点击旁边的下拉小三角号,点击“Add”(如果你要更改现有的模型,就点击“Edit current”),然后跳出如下对话框:

在图中标识1Name”中,给你的模型取个名字,这里我们选择mProphet算法;在标识2中,我们选择使用反库(勾选“Use decoys”)来计算假阳性率,然后点击“Train Model”来训练模型,这样你就可以在标识3中得到每一个特征在这个模型中的权重值,在标识4中得到相应分数的分布,这时候你可以在每个图中右击鼠标,然后将相应的图保存起来。然后点击“OK”即可。

至此,我们DIA的数据输入与分析暂时结束。



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