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Skyline处理DIA数据(三 数据分析步骤1-参数设置3)

转载 2016-03-30 12:02:08
标签: skyline dia 数据处理 离子设置 transitionsettings

A.2离子的参数设置(TransitionSettings)

点击“Settings”-->“transition Settings”,开始进行离子的参数设置。在“Filter”中设置如下:

图中标识1设置母离子的价态(Precursor charges),设置子离子的价态(Ion charges),设置离子的类型(Ion types),离子中的p表示的是母离子,b,y是指子离子类型中的b离子和y离子;标识2中,“From---To”的意思是根据你所选的类型,过滤子离子,比如图中所示“Fromion 3”---“Tolast ion - 1”的意思就是在匹配一段肽的子离子时,只匹配b4,b5,…,bn-1,y2,y3,…,yn-3中的离子。如果你没有“Special ions”,就不用勾选其中的选项;勾选“Use DIAprecursor window for exclusion”表示利用后面设置的母离子窗口进行筛选。

在“Library”中设置如下:

在“Ion match tolerance”填上匹配离子时的容忍度,这个值可以根据你所使用的质谱的质量分析器的分辨率来填写;建议勾选“If a library spectrum is available”选项,它是选择告诉软件选择谱图库中强度前几的子离子(在“Pick”中填写个数,这里的值只能是110的整数)。

“Instrument”中的设置:

“Min m/z”“Max m/z”中分别填写设备采集谱图时的最小和最大的质荷比;“Method match tolerance”表示匹配设备方法中的离子质荷比与预测的离子质荷比时最大的容忍度;“Firmware inclusion limit”在设备扫描时最大的inclusionwindows的数目。

“Full-Scan”中设置:

在“MS1filtering”中设置同位素峰按照个数(count)算,最大个数为3,选择母离子质量分析器,填写相应的分辨率;在“Ms/Ms filtering”中选择获取子离子的方法,子离子的质量分析器,填写相应的分辨率,以及相应的隔离窗口(针对DIA数据),窗口设置如下图;在标识3中,选择在匹配子离子时需要匹配那个时间内的谱图。

“Name”为你的隔离窗口取个名字;选择“Prespecified isolation windows”输入你预先设定的隔离窗口,可以得到如下窗口的分布图:





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