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Skyline处理DIA数据(三 数据分析步骤1-参数设置2)

转载 2016-03-28 22:15:40
标签: skyline dia 蛋白质组学 构建谱图库 肽段修饰设置

1.4 

构建谱图库

在这里,分析DIA数据,我们首先构建一个谱图库,给后面数据分析一个先验的知识。创建谱图库步骤如下:

如果已经有现存的谱图库,那么直接勾选即可,否则就点击“Build”开始构建,如下图:

在图中标识1Name”中给你的谱图库取个名字;在标识2中选择输出的路径;勾选标识3的可选框,保留冗余的库,目的是让库中保留尽可能多的谱图信息;标识4中填写阈值,这个阈值一般等于1-FDR,即当你的FDR设定为0.05,这个值就填写0.95。然后点击“Next”,跳出如下对话框:

点击“AddFiles”添加你要构建谱图库文件,这个文件一般为某种搜索软件搜索完DDA数据后的结果,在这里我们使用的是Maxquant软件进行的搜索,所以这里用来建库的文件是msms.txt。添加好以后,点击“Finish”即可完成谱图库的构建。

1.5 肽段修饰的设置

如果你一点也不关心肽段上发生了什么修饰,那这一栏中所有参数都设置为空即可。但是,通常情况下,大家还是比较关心肽段上发生了哪些修饰,此时设置如下:

如果在“Structural modifications”中没有你想选择的修饰,可以点击“Editlist”进行编辑,构造一下你想要的修饰,如下图;上图标识2表示设定一段肽上最大的可变修饰的个数和最大的中性丢失的个数。

你只需要点击“Editlist”à“Add”(添加新的修饰)或者“Edit”(编辑现存的修饰),在图中标识3“Name”中填写修饰的名字,“Amino acid”选择在哪个氨基酸上发生的修饰,“Terminus”中选择在氨基酸的哪端(碳端还是氮端)发生了修饰,“Variable”表示该修饰是否是可变修饰,然后可以在“Chemical formula”中填写修饰的化学式,也可以点击旁边小三角进行选择。完成后点击“OK”即可。



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