加载中…Tassel学习笔记
(2016-06-29 10:36:32) | 分类： GWAS分析 |
1:软件下载及测试数据下载：http://www.maizegenetics.net/#!tassel/c17q9
参考链接：https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/UserManual/Kinship/Kinship
参考链接如下：
2:tassel的基因型数据有很多形势，这里建议将你的数据转换为hmp格式，我一般是从plink格式转化，转化命令如下：
/share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/bin/perl
/share/work/biosoft/tassel/tasseladmin-tassel-v5//run_pipeline.pl
-importGuess
/share/work/fanyc/test_GWAS/out/Variant/QC.ped -export
/share/work/fanyc/test_GWAS/out/file_format/QC -exportType
Hapmap
参考链接：https://groups.google.com/forum/#!topic/tassel/Ra8vYilaKmI
3:输入表型数据，数据格式如下：
4:输入群落结构数据，数据格式如下：
5:计算亲缘关系矩阵，命令如下：
/share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/bin/perl
/share/work/biosoft/tassel/tasseladmin-tassel-v5//run_pipeline.pl
-importGuess
/share/work/fanyc/test_GWAS/out/file_format/QC.hmp.txt -KinshipPlugin -method
Dominance_Normalized_IBS -endPlugin -export
/share/work/fanyc/test_GWAS/out/kinship/kinship.txt -exportType
SqrMatrix
6:运行MLM关联分析，命令如下：
./run_pipeline.pl -fork1 -h mdp_genotype.hmp.txt -filterAlign -filterAlignMinFreq 0.05 -fork2 -r mdp_traits.txt -fork3 -q mdp_population_structure.txt -excludeLastTrait -fork4 -k mdp_kinship.txt -combine5 -input1 -input2 -input3 -intersect -combine6 -input5 -input4 -mlm -mlmVarCompEst P3D -mlmCompressionLevel Optimum -export mlm_output_tutorial -runfork1 -runfork2 -runfork3 -runfork4
https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/UserManual/MLM/MLM
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