加载中…
正文 字体大小:

CAZYme的功能注释

(2014-02-28 14:39:06)
分类: 生物信息学
可参考博文:http://www.chenlianfu.com/?p=1376
另外建议结合:http://cys.bios.niu.edu/dbCAN/download/网站的Readme文件

** if you want to run dbCAN CAZyme annotation on your local linux computer, do the following:
** 1. download dbCAN-fam-HMMs.txt, hmmscan-parser.sh and all.hmm.ps.len
** 2. download HMMER 3.0 package [hmmer.org] and install it properly
** 3. format HMM db: hmmpress dbCAN-fam-HMMs.txt
** 4. run: hmmscan dbCAN-fam-HMMs.txt yourfile > yourfile.out
** 5. run: sh hmmscan-parser.sh yourfile.out > yourfile.out.ps (if alignment > 80aa, use E-value < 1e-5, otherwise use E-value < 1e-3; covered fraction of HMM > 0.3)

这里需要说明的一点是,我在运行命令的时候报错(Ilegal division by zero at -e line,<>line1),当然是在运行最后一步 hmmscan-parser.sh结果解析的。(遇到错误的情况请确保你生成的所有文件都与你下载的数据库文件保持在同一目录下)
不过你可以在第四步运行hmmsan的时候对输出结果进行控制。例如输出类似blast形式。此外还有E值的设定,例如:
hmmscan --tblout CAZYme.txt -E 10-20 dbCAN-fam-HMMs.txt your.fasta
这时候你可以看看输出结果CAZYme.txt差不多就可以了。

0

阅读 评论 收藏 转载 喜欢 打印举报
  • 评论加载中,请稍候...
发评论

    发评论

    以上网友发言只代表其个人观点,不代表新浪网的观点或立场。

      

    新浪BLOG意见反馈留言板 电话:4006900000 提示音后按1键(按当地市话标准计费) 欢迎批评指正

    新浪简介 | About Sina | 广告服务 | 联系我们 | 招聘信息 | 网站律师 | SINA English | 会员注册 | 产品答疑

    新浪公司 版权所有