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Fast UniFrac 软件

(2012-05-01 21:20:05)
标签:

杂谈

分类: 软件安装

      Fast UniFrac是 UniFrac 软件的较新版本。是为了在你的样本中更好的寻找影响系统发生的相关因素。物种的多样性指标共分为三种分别为:

𝛼    𝛼𝑑𝑖𝑣𝑒𝑟𝑠𝑖𝑡𝑦𝑑:引用于再特定地区、族群、生态系内的多样性,其测量系计算出生态系内种类的数量(通常以species (种)为单位,species 是生物分类中基本的分类单元和分类等级。微生物的种可以看作是:具有高度特征相似性的菌株群,这个菌株群与其他类群的菌株有很明显的区别。)

      𝛽𝑑𝑖𝑣𝑒𝑟𝑠𝑖𝑡𝑦:是生态系之间的种多样性,它包含分类单位的比较生态系内的每一独特性

           𝛾𝑑𝑖𝑣𝑒𝑟𝑠𝑖𝑡𝑦𝑦:在一个地区内不同生态系的全部多样性的量测值

        该软件主要研究的是𝛽𝑑𝑖𝑣𝑒𝑟𝑠𝑖𝑡𝑦,侧重的是之间的比较。

Requirement:

(提供的这些文件必须都是压缩的形式)

该软件使用的是进化距离来对不同的样本进行分类。主要是通过进化树中的几点到上已节点的距离来进行分类。

具体算法如图所示:

Fast <wbr>UniFrac <wbr>软件

参考文献为:

2010-Fast UniFrac: facilitating high-throughput phylogenetic analyses of microbial communities including analysis of pyrosequencing and PhyloChip data

网址为:http://bmf2.colorado.edu/fastunifrac/

 

 


 

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