Fast UniFrac是 UniFrac
软件的较新版本。是为了在你的样本中更好的寻找影响系统发生的相关因素。物种的多样性指标共分为三种分别为:
𝛼
𝛼−𝑑𝑖𝑣𝑒𝑟𝑠𝑖𝑡𝑦𝑑:引用于再特定地区、族群、生态系内的多样性,其测量系计算出生态系内种类的数量(通常以species
(种)为单位,species
是生物分类中基本的分类单元和分类等级。微生物的种可以看作是:具有高度特征相似性的菌株群,这个菌株群与其他类群的菌株有很明显的区别。)
𝛽−𝑑𝑖𝑣𝑒𝑟𝑠𝑖𝑡𝑦:是生态系之间的种多样性,它包含分类单位的比较生态系内的每一独特性
𝛾−𝑑𝑖𝑣𝑒𝑟𝑠𝑖𝑡𝑦𝑦:在一个地区内不同生态系的全部多样性的量测值
该软件主要研究的是𝛽−𝑑𝑖𝑣𝑒𝑟𝑠𝑖𝑡𝑦,侧重的是之间的比较。
Requirement:
(提供的这些文件必须都是压缩的形式)
该软件使用的是进化距离来对不同的样本进行分类。主要是通过进化树中的几点到上已节点的距离来进行分类。
具体算法如图所示:

参考文献为:
2010-Fast UniFrac: facilitating high-throughput
phylogenetic analyses of microbial communities including analysis
of pyrosequencing and PhyloChip data
网址为:http://bmf2.colorado.edu/fastunifrac/
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