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phred/phrap/consed的安装

(2012-04-05 15:33:41)
标签:

杂谈

分类: 软件安装

获得软件:

     Phrap/cross_match/swat:  Phil Green, phg@u.washington.edu
      Phred: Brent Ewing, bge@u.washington.edu
      Consed: David Gordon, dgordon@u.washington.edu
根据你需要的软件分别给这个人写信。

信的内容:

一:遵守的协议内容,可以从官方网站上复制黏贴(http://www.phrap.org/consed/academic_agreement.txt

二:

NAME:
ACKNOWLEDGEMENT: .
PROGRAMS: 
INSTITUTION: 
DEPARTMENT:
EMAIL: 
comOS:linux(64 bit x86_64 )
IP address is
 
一般过个三五天会以邮件的形式发给你。
 
接下来就是安装:

1.  gunzip phred-dist-020425.c-acd.tar.z

     tar xvf phred-dist-020425.c-acd.tar

2.  make.

  cp phred  /usr/local/bin

  chmod 111  /usr/local/bin/phred

4.  mkdir  /usr/local/etc/PhredPar

     cp phredpar.dat  /usr/local/etc/PhredPar

     export PHRED_PARAMETER_FILE=/usr/local/etc/PhredPar/phredpar.dat

5.  make daev

     cp daev  /usr/local/bin

     chmod 111  /usr/local/bin/daev

6.  make clean

7.  修改phredpar.dat文件( 由于目前测序仪多采用3730等高通量测序仪,与phredpar.dat中的机型不同,

     因此需要添加新机型)

     vi  /usr/local/etc/PhredPar/phredpar.dat

     在其中添加"KB_3730_POP7_BDTv3.mob"       terminator      big-dye         ABI_3700

     先按Esc键,然后“Shift+: ”,最后按w键和q


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