1.利用PMV来计算。

PMV计算溶剂可及表面积还是很容易的，有时候可能需要计算每个氨基酸的溶剂可及表面积，有些氨基酸因为深埋于蛋白内部，所以SA面积为零。

    首先显示蛋白表面，然后计算，在color的时候可以根据properties给MS着色，着色采用SAS或者SES方法，数值自定。然后打开Python控制台

mol=self.Mols[0]

list=[]

for ress in mol.chains[0].residues:

    resarea = str(ress.sas_area)

    resname = ress.full_name()

    resall = resname + '_'+ resarea

    list.append(resall)

list

列出每个氨基酸的SAS。

2.利用VMD计算SAS，只要在控制台下用命令即可得出：

set all [atomselect top "all"] 

set some [atomselect top "resid 1 to 5"] 

measure sasa 1.4 $all -restrict $some -points sasapoints 

foreach pt $sasapoints { 

  draw point $pt 

} 

以上可以在窗口中显示出1-5号氨基酸的溶剂可及表面，以point绘出。当然如果不需要浏览仅仅计算的话，只需要：

set all [atomselect top "all"] 

set some [atomselect top "resid 1 to 5"] 

measure sasa 1.4 $all -restrict $some

如果想看一下准不准可以算一下除了1-5号氨基酸的是多少

set someothers [atomselect top "not(resid 1 to 5)"] 

measure sasa 1.4 $all -restrict $someothers

将两个值相加，看是否是

measure sasa 1.4 $all 

得到的结果。