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高通量基因组测序中,什么是测序深度和覆盖度?

(2012-02-01 15:04:50)
标签:

高通量

测序深度

覆盖率

覆盖度

杂谈

分类: 技术文章

高通量基因组测序中,什么是测序深度和覆盖度?

 

来自美吉生物的答案:

 

测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M,测序深度为10X,那么获得的总数据量为20M


覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在,测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域,这部分没有获得的区域就称为Gap。例如一个细菌基因组测序,覆盖度是98%,那么还有2%的序列区域是没有通过测序获得的。

 

详见美吉生物网站:www.majorbio.com

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