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mirDeep2安装

(2013-05-13 17:40:07)
分类: miRDeep2
mirDeep2安装

下载和解压
#wget http://mdc.helmholtz.de/38350089/en/research/research_teams/systems_biology_of_gene_regulatory_elements/projects/miRDeep/mirdeep2_0_0_5.zip

更新到2.0.0.7了--20150312
wget http://mdc.helmholtz.de/43969303/en/research/research_teams/systems_biology_of_gene_regulatory_elements/projects/miRDeep/mirdeep2_0_0_7.zip

unzip mirdeep2_0_0_5.zip

如果用mirDeep2自带的install.pl安装会遇到下载的文件不存在的情况,比如bowtie
那么你需要自己安装几个软件。解压后的路径下面有个README里面详细介绍了如何自行安装mirdeep2。不过有些细节需要修改。
首先,下载几个必须的package,下载到/home/disk6/src路径下,解压也都在这个路径下完成

bowtie                  #version 0.12.7
ViennaRNA-1.8.5.tar.gz
squid-1.9g.tar.gz
randfold-2.0.tar.gz
PDF-API2-0.73.tar.gz
perl                   #我的版本是 5.10.1

~~~~~~~~~~安装bowtie
unzip bowtie-0.12.7-linux-x86_64.zip
解压后就是可执行的二进制文件,不需要编译,省心啊
把bowtie加入环境变量

~~~~~~~~~安装ViennaRNA
tar -zxf ViennaRNA-1.8.5.tar.gz
cd ViennaRNA-1.8.5
./configure --prefix=/home/disk6/tools/ViennaRNA  #/home/disk6/tools/是我安装软件的路径,我把常用的软件都安装到这里,或者建立ln -s到tools下面相应的目录,然后一个个放到path中
make
make install

~~~~~~~~~安装squid-1.9g.tar.gz和randfold-2.0.tar.gz

tar -zxf squid-1.9g.tar.gz
cd squid-1.9g
./configure --prefix=/home/disk6/tools/squid    #只有configure之后才有squid.h文件,这是下面的randfold2.0需要的文件
make
make install

tar -zxf randfold-2.0.tar.gz
cd randfold2.0
编辑Makefile文件,将INCLUDE=-I这一行替换为INCLUDE=-I. -I/home/disk6/src/squid-1.9g/ -L/home/disk6/src/squid-1.9g/
make
将randfold加入path


~~~~~~~~~~~~安装PDF-API2-0.73.tar.gz

tar -zxf PDF-API2-0.73.tar.gz
cd PDF-API2-0.73
mkdir ../mirdeep2/lib/  #这个不能忘了,一开始就解压了mirdeep2,在mirdeep2下面创建一个lib路径
perl Makefile.PL PREFIX=/home/disk6/src/mirdeep2 LIB=/home/disk6/src/mirdeep2/lib
make
make test
make install   #至此,/home/disk6/src/mirdeep2/lib下面已经有了两个目录PDF和x86_64-linux-thread-multi

~~~~~~~~~~~~配置mirdeep2的perl5lib 就是那个PDF了
在~/.bash_profile里面加入
export PERL5LIB=PERL5LIB:/home/disk6/src/mirdeep2/lib

~~~~~~~~~测试所有安装过的软件是否正常
to test if everything is installed properly type in 
1) bowtie
2) RNAfold -h
3) randfold
4) make_html.pl

~~~~~~~~~~最后,在path中加入miRDeep2的路径

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