一、投资收益是缴纳企业所得税还是个人所得税
根据《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号，以下简称“财税[2008]159号文”）第三条的规定：合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。主管税务局机关和涉税企业对于不同的合伙人分别进行税务处理，这一点没有争议。
按照“先分后税”原则，合伙企业不是一个独立的纳税实体，仅是合伙人的投资管道和税收管道。有限合伙人取得的基金收益在所得性质上，应和合伙企业层面取得所得性质保持一致。另根据《国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》执行口径的通知（国税函[2001]84号，以下简称“国税函[2001]84号文”）第二条规定：个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。所以有限合伙人应该按照“利息、股息、红利所得”计缴个人所得税
这里存在一个关于纳税义务发生时间的讨论问题。财税[2000]91号文第五条中规定：“个人独资企业的投资者以全部生产经营所得为应纳税所得额；合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，合伙协议没有约定分配比例的，以全部生产经营所得和合伙人数量平均计算每个投资者的应纳税所得额。”按此规定，似乎无论合伙企业利润分配与否，合伙人都应按占伙比例乘以合伙企业应税利润总额计算其应纳税所得额。但是，财税[2000]91号文是在修订前的《合伙企业法》背景下制定的，当时，合伙企业的合伙人都是自然人身份的普通合伙人，故当时针对合伙企业的所得税政策都是规定自然人合伙人的个人所得税问题。然而，新《合伙企业法》规定了有限合伙企业组织形式后，合伙人便不再只是缴纳个人所得税，财税[2000]91号文规定的个人所得税纳税义务发生时间不应适用于缴纳企业所得税的有限合伙人。笔者认为，后者的纳税义务发生时间所适用的法律依据应为2008年1月1日起实施的《企业所得税法暂行条例》第十七条：“企业所得税法第六条第（四）项所称股息、红利等权益性投资收益，是指企业因权益性投资从被投资方取得的收入。股息、红利等权益性投资收益，除国务院财政、税务主管部门另有规定外，按照被投资方作出利润分配决定的日期确认收入的实现。”如果未实际分配红利之前，对作为有限合伙人的公司不予征税，合伙企业便可将实现的属于有限合伙人的利润100%留存于企业，增强企业的资金积累。以后向有限合伙人分配时，有限合伙人再履行纳税义务，征税原则接近于收付实现制。但鉴于《企业所得税法暂行条例》第十七条中有“除国务院财政、税务主管部门另有规定外”一处伏笔，故而建议国家应对有限合伙人的纳税义务加以明确，这既关系到纳税义务的履行，也关系到合伙人占伙比例的调整：自然人须先行履行个人所得税纳税义务，故留存于合伙企业的收益是税后的，而有限合伙人留存的可能是税前收益。
财税[2000]91号文第十四条规定：投资者兴办两个或两个以上企业的，企业的年度经营亏损不能跨企业弥补。
如果公司制企业投资于另一家公司或投资于一家有限合伙企业而发生损失，产生的所得税影响应无差异。只不过是新《企业所得税法》实施后，投资损失在税前扣除的具体办法尚未明确。
法人合伙人通过合伙企业对外进行股权投资，属于间接投资，不能享受股息、红利所得免税优惠。
合伙企业发生亏损，只能用合伙企业以后年度的应纳税所得额弥补，不得冲减公司当期应税所得。
二、关于投资人转让权益的问题
如果认可公司制企业投资于一家有限合伙企业也属于长期投资，则未来投资人将其权益转让应视为实现了资本利得或损失，其税收政策应与转让一家公司股权时应税所得或损失的处理方法相同。
如果自然人转让其在合伙企业的权益，由此而产生的利得是作为我国《》中规定的“财产转让所得”税目征收20%固定税率的个人所得税，还是按照“个体工商户”税目适用五级超额累进税率，目前政策并不明确，实务中各地存在不同的做法。同时，在计算权益转让利得时，如果以转让收入减去合伙人的初始投资，则转让利得中便可能隐含了合伙人留存于合伙企业的收益，且这部分收益已被课税，那么，在计算权益转让利得税时，应考虑对该部分留存收益的扣除。对此，目前的税收政策对计算办法仍未作明确规定。另外，类似于合伙企业日后转变为公司制企业等重组活动中的会计和税收问题，在政策层面上也存在着诸多空白之处。
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