加载中…
个人资料
唐明智
唐明智
  • 博客等级:
  • 博客积分:0
  • 博客访问:136,875
  • 关注人气:178
  • 获赠金笔:0支
  • 赠出金笔:0支
  • 荣誉徽章:
相关博文
推荐博文
正文 字体大小:

DNAstar软件的使用(三)Seqman 拼接序列

(2011-05-07 22:29:31)
标签:

dnastar

测序

序列拼接

峰图

杂谈

分类: 生物软件的使用
启动Seqman,点击面板中的Add sequence 按钮添加将要拼接的序列
DNAstar软件的使用(三)Seqman <wbr>拼接序列

选中目标序列,点击Add--Done导入目标序列

DNAstar 软件的使用(三)Seqman拼接序列 - 唐明智 - 唐明智的博客 

如果导入的是峰图文件,可以双击文件名会弹出峰形图,通过移动黑色的分隔线可以去除测序质量不高的区域(黄色区域),从而避免在拼接过程中产生模棱两可的数据。

DNAstar 软件的使用(三)Seqman拼接序列 - 唐明智 - 唐明智的博客

 数据修正后点击Assemble即拼接,运行结束后会弹出一个新对话框,如果能拼接上,则在Contig一栏有显示。

DNAstar 软件的使用(三)Seqman拼接序列 - 唐明智 - 唐明智的博客

双击Contig可以看到拼接好的完整序列,以及两个峰图的重叠区域,如果两个峰图的重叠区域完全匹配,则表明拼接的结果可靠;如果两个峰图间有不同碱基,则需要比对两个峰图,选择峰图清晰的作为最终结果。

DNAstar软件的使用(三)Seqman <wbr>拼接序列

点击文件前面的三角形可以直接查看序列的峰形图 

DNAstar 软件的使用(三)Seqman拼接序列 - 唐明智 - 唐明智的博客

点击菜单栏的Contig--Save Consense--Single File 可以保存拼接好的序列。

DNAstar软件的使用(三)Seqman <wbr>拼接序列



 

本文版权归个人所有,如需转载请注明出处

0

阅读 评论 收藏 转载 喜欢 打印举报/Report
  • 评论加载中,请稍候...
发评论

    发评论

    以上网友发言只代表其个人观点,不代表新浪网的观点或立场。

      

    新浪BLOG意见反馈留言板 电话:4000520066 提示音后按1键(按当地市话标准计费) 欢迎批评指正

    新浪简介 | About Sina | 广告服务 | 联系我们 | 招聘信息 | 网站律师 | SINA English | 会员注册 | 产品答疑

    新浪公司 版权所有