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唐明智
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峰图的基本知识

(2011-05-07 21:02:34)
标签:

dna

测序

峰图

序列

杂谈

分类: 测序常见问题分析

测序公司发送的测序结果一般有一个峰图文件和一个序列文件,峰图文件为Abi格式,用chromas软件(网上可下载)打开.

四种颜色的波形代表四种碱基的信号强度;
    正常的峰图,波峰与波谷清晰,峰与峰之间的距离均匀;
    比较理想的测序结果在底部应该没有杂峰干扰;

峰图的基本知识

 
测序结果的前几十bp不能用指的是下图中黄色区域标出的区域;
    在拼接序列或序列比对时需要先去除这部分不太可靠的数据,以免影响分析结果;

在使用PCR产物测序时由于PCR引物上的碱基是不带染料的,所以检测不到信号,在测序结果中也找不到引物的序列,如连接到载体使用载体上的通用引物测序则可以找到PCR引物;
峰图的基本知识

     测序公司给出的峰图在1000~1200bp之间,但超过800bp后的各种波之间有重叠,波峰有钝化现象,碱基与碱基间的距离有时突然加大(此图中的812bp~813bp),这些现象都会影响结果的准确性,所以只能做为参考.所以说有效片段为800bp左右.

峰图的基本知识






 

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