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转载【ENCODE和modENCODE】

(2011-10-26 11:02:04)
标签:

杂谈

分类: Bioinformatics
本文引用自xiaoheilong《ENCODE与modENCODE计划》

ENCODEmodENCODE计划

人类基因组计划的主要目标是产生人类和主要模式生物(包括大肠杆菌(Saccharomyces cerevisiae)、线虫(Caenorhabditis elegans)、果蝇(Drosophila melanogaster)及小鼠(Mus musculus))的精确基因组序列。研究人员可以免费获取这项研究产生的数据公布,这又促进了人类基因组变异图谱的产生和发展(International HapMap Project)。

然而,人们仍然不了解基因组如何编码产生多细胞有机体。这就需要精确阐明基因组上重要功能元件并且描绘出这些原件随着细胞种类及时间变化的动态变化情况。这些原件包括编码蛋白、非编码RNA、重要功能原件(如直接调控基因表达,DNA复制和染色体变异)的调控序列。

大肠杆菌拥有较小规模基因组,因此首先被破译。对较为复杂的人、小鼠、果蝇及线虫基因组的破译工作仍然处在起始阶段。

因此,美国国立人类基因组研究中心(National Human Genome Research Institute (NHGRI))于2003年启动了ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements)计划,该计划的最终目标是描绘出人类基因组的功能元件。在此基础上,对此项计划的扩展,内容包括将对人类基因组破译工作扩展到整个基因组,另外于2007年发起了对模式动物线虫和果蝇基因组破译工作------ENCODE (modENCODE)

面对普通研究者,该项计划已提供了一些非常有用的信息,例如,在进行ChIP-chip ChIP-seq实验前可以访问www.modencode.org/Vote.shtml,了解哪些转录因子有相应抗体。

 

modENCODE计划要研究的是生物体是如何转录修饰、复制及翻译的(见下图ENCODE与modENCODE计划 - xiaoheilong - 生命是什么?

 

更多信息见:

ENCODE

modENCODE计划主页 http://www.modencode.org/

nature相关主题资源 http://www.nature.com/nature/focus/encode/index.html

ENCODE and modENCODE Data Listings http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/info/ENCODE.html

modENCODE 计划相关发表文献http://blog.modencode.org/category/publications

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