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铁汉1990
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每日一生信--contigs跟参考基因组map

(2014-05-15 17:38:34)
标签:

contigs

map

杂谈

分类: bioinformatic

问题:

单菌来说,从头组装的序列contigs数为什么比根据参考序列组装出来的contigs多?

有什么工具用来从头组装的contigsreference genome的比较?

 

答:

1Mauve Genome Aligner? It's available at http://gel.ahabs.wisc.edu/mauve/.

Mauve provides a really nice visualization of where the contigs match up

通过这个软件发现contig没有匹配上reference的部分,然后未匹配的部分blast,发现匹配上的质粒是,所以说从头组装的序列比根据一个reference组装的序列多

but I'd have to quibble that the number and length of contigs you'll get, and whether you get better (de novo) assemblies or (mapped) assemblies, will definitely depend on how divergent your reference and sequenced species are ... yours must be pretty close (being different strains, but not different species? maybe?

 

2Blat software is pretty good to compare 2 sets of bacterial contigs.

    Blat要比blast

 

3 OSLay (http://www-ab.informatik.uni-tuebingen.de/software/oslay/welcome.html).

    用来contigsreference genome的比对

 

4PGA4genomics

用来根据参考序列组装(http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/gkn168v1).

,

5MUMmer to layout the contigs.

 

既有可能你的reads跟你的参考序列差距比较大,所以需要根据从头组装来

 

 

参考资料:

菜鸟博客  http://blog.sina.com.cn/s/blog_4af3f0d20100kna4.html

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