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铁汉1990
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【T】每日一生信--Newicktree格式

(2014-03-22 20:17:13)
标签:

newicktree格式

杂谈

分类: bioinformatic

该博文已整理到新地址:

http://qinqianshan.com/ngs/file_type/newick-tree/  

 是树形文件格式之一,used by GARLI, MrBayes, PAUP*, PHYLIP, PROTML, TREE-PUZZLE, and several other programsVery few programs cannot read or import this treefile format. However, Newick is the only treefile format readable by the PHYLIP programs drawgram, drawtree, and retree.

【T】每日一生信--Newicktree格式

上图可以表示为 (B,(A,C,E),D)

也可以在标记后面加上冒号和数字,冒号后面的数字代表树的长度,如:

(B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0):5.0,D:11.0)

(B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0)Ancestor1:5.0,D:11.0)  分支的地方可以加上名字

【T】每日一生信--Newicktree格式

上图可以表示为  (A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4)E:0.5)F

 

可视化:

1,生成的Newick tree格式文件可视化工具:http://www.trex.uqam.ca/inde?action=newick

2,可视化工具可以用PHYLIP programs(下载地址

http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/getme.html

3,还有R中的library(ape)

 

参考资料:

维基百科 http://en.wikipedia.org/wiki/Newick_format

Evolution and genomics  http://evomics.org/resources/tree-formats/

 

 

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