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铁汉1990
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【T】每日一生信--序列比对

(2014-01-15 00:33:24)
标签:

序列比对

分类: bioinformatic

该博文已整理到新地址:http://qinqianshan.com/localized-blast/

相似的序列(similarity)可以预测同源(homology),同源的序列来预测功能。

比对的方法:

        点阵法(Dot matrix

        动态规划(全局比句,局部比对)

        隐马尔可夫

        启发式比对 –k-tuple(blast  fasta)

 

氨基酸替代矩阵

PAM=Point Accepted Mutations 相近的序列比对得出的结论

BLOSUM = Blocks Amino Acid Substitution Matrices,来自BLOCKS database (http://blocks.fhcrc.org/)

The numbers mean different things depending on the particular matrix. For the

PAM matrix, the high number matrices are better for more divergent alignments, while the

opposite is true for the BLOSUM matrices.

假如我们找距离比较远的序列,我们可以用PAM更大数目的举证或者是BLOSUM更小的矩阵

【T】每日一生信--序列比对
为什么会是6呢,因为DNA在翻译为蛋白质的时候移位,一个aa由三个碱基构成,所以可以移动3个,同时又是因为正反链,所以会有6种情况。

Position-Specific Iterated (PSI)-BLAST:

很灵敏的BLAST工具,可以用来找距离很远的蛋白或者找蛋白家族新的成员。就是更加灵敏呗,第一步的psiblast其实就是简单的blast,构建新的矩阵,然后在对于大于阈值重新blast,比对的结果中有用黄色标记的就是之前没有找序列。


ps:参考的是MOOC的生物信息学方法,感觉里面讲的东西比较细致,逻辑性比较强。但是有些东西之前就已经提到了,所以就不说了,等着吧,过段时间,我来给NCBI一个逻辑性,知识性更全面的总结。


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