加载中…
个人资料
铁汉1990
铁汉1990
  • 博客等级:
  • 博客积分:0
  • 博客访问:1,336,032
  • 关注人气:828
  • 获赠金笔:0支
  • 赠出金笔:0支
  • 荣誉徽章:
相关博文
推荐博文
正文 字体大小:

arb,自以为是的安装

(2013-08-28 21:45:03)
标签:

arb

安装

linux目录树

环境变量修改

分类: bioinformatic
菜鸟一枚,刚装好Ubuntu,就开始装arb,历经好几个晚上,最后发现就是自以为是。
网上ARB安装的汉语版的方法除了叶林师兄的博客有提到过,基本上搜不到相关的东西,故分享,来帮助需要的朋友
1,我的是ubuntu12.04的版本,在arb-home.de下载了 arb_install.sh和32位的arb.tgz。
2,在terminal中输入sudo sh arb_install.sh ,(这个时候需要输入密码,而输入的密码是不显示的,不像windows那样有**提示)然后一路回车,Where do you want to put your pt_server data,这个你可以输入你想要他存放的地方
   Linux:/bin:存放普通用户可以使用的命令文件。目录/usr/bin也可用来贮存用户命令。 /sbin:一般存放非普通用户使用的命令(有时普通用户也可能会用到)。目录/usr/sbin中也包括了许多系统命令。/etc:系统的配置文件。 /root:系统管理员(root或超级用户)的主目录。 /usr:包括与系统用户直接相关的文件和目录,一些主要的应用程序也保存在该目录下。/home:用户主目录的位置,保存了用户文件(用户自己的配置文件,文档,数据等)。 /dev:设备文件。在Linux中设备以文件形式表现,从而可以按照操作文件的方式简便地对设备进行操作。 /mnt:文件系统挂载点。一般用于安装移动介质﹑其它文件系统(如DOS)的分区、网络共享文件系统或任何可安装文件系统。/lib:包含许多由/bin和/sbin中的程序使用的共享库文件。目录/usr/lib/中含有更多用于用户程序的库文件。/boot:包括内核和其它系统启动时使用的文件。 /var:包含一些经常改变的文件。例如假脱机(spool)目录﹑文件日志目录﹑锁文件﹑临时文件等等。 /proc:操作系统的内存映像文件系统,是一个虚拟的文件系统(没有占用磁盘空间)。当您查看它们时,看到的是内存里的信息,这些文件有助于了解系统内部信息。 /initrd:在计算机启动时挂载initrd.img映像文件的目录以及载入所需设备模块的目录。/opt:存放可选择安装的文件和程序。主要由第三方开发者用于安装和卸装他们的软件包。/tmp:用户和程序的临时目录,该目录中的文件被系统自动清空。/lost found:在系统修复过程中恢复的文件。1.1.5Shell

3在Depending on what is your shell there are three choices 我选的是1(Change your local .bahrc file),(这个可以根据echo $SHELL查看你是什么SHELL,常见的有C shell,bash,korn.shell)最后出现的是
add the following lines to your ~/.profile or to your ~/.bashrc for bash-users
******************************************************
     ARBHOME=/usr/arb;export ARBHOME
     LD_LIBRARY_PATH=${ARBHOME}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
     export LD_LIBRARY_PATH
     PATH=${ARBHOME}/bin:${PATH}
     export PATH
 
enter the following command:
     . ~/.profile

Note for sysadmins:
     In order to provide arb for all users,
     edit the global shell init file(s) in /etc
     (/etc/bash.bashrc, /etc/csh.cshrc or similar)
     in the same manner as described above for the
     local shell init files.

Please read the files
  /usr/arb/arb_INSTALL.txt
  /usr/arb/arb_UBUNTU.txt    (if you're using ubuntu)
about additional libraries and tools needed

4,最后我试着在terminal中输入arb sam@sam-virtual-machine:~$ arb.
结果是未找到 ‘arb’ 命令,这个就应该是没有安装成功吧,是不是某个步骤没看懂
 
   这里面我犯了一个很重要的错误,在LINUX下安装软件,不像windows那样点一下EXE文件就Ok了,我们还需要对环境变量进行修改。
      环境变量修改:
       按变量的生存周期来划分,Linux变量可分为两类,它们的修改方法如下:
(1)永久的:需要修改配置文件,变量永久生效。
常见的配置文件包括:
(1-1)/etc/profile:对所有用户生效;此文件为系统的每个用户设置环境信息,当用户第一次登录时,该文件被执行;并从/etc/profile.d目录的配置文件中搜集shell的设置
例如:编辑/etc/profile文件,添加CLASSPATH变量
# vi /etc/profile
添加一行:
export CLASSPATH=./JAVA_HOME/lib;$JAVA_HOME/jre/lib
修改后需要执行重新登录才能生效,也可以执行命令source /etc/profile来生效

(1-2)/etc/bashrc:对所有用户生效;为每一个运行bash shell的用户执行此文件.当bash shell被打开时,该文件被读取
编辑方法如上,不再赘述

(1-3)~/.bash_profile:仅会对当前用户有效;每个用户都可使用该文件输入专用于自己使用的shell信息,当用户登录时,该文件仅仅执行一次
例如:编辑guok用户目录(/home/guok)下的.bash_profile
$ vi /home/guok/.bash.profile
添加如下内容:
export CLASSPATH=./JAVA_HOME/lib;$JAVA_HOME/jre/lib
修改后需要执行重新登录才能生效,也可以执行命令source /etc/profile来生效

(1-4)~/.bashrc:仅会对当前用户有效;该文件包含专用于你的bash shell的bash信息,当登录时以及每次打开新的shell时,该该文件被读取
编辑方法如上,不再赘述

另外,~/.bashrc等中设定的变量(局部)只能继承/etc/profile中的变量,他们是"父子"关系

综述,对上述文件修改,添加你需要的变量,在启动一个shell(终端,terminal)时,你所定义的变量均会生效的。

(2)临时的:使用export命令声明即可,变量只在当前的shell(BASH)或其子shell(BASH)下是有效的,在关闭shell后失效,再打开新shell时就没有这个变量,需要使用的话还需要重新定义
在shell的命令行下直接使用[export 变量名=变量值] 定义变量

环境变量的查看
(1)使用echo命令查看单个环境变量。例如:
echo $PATH
(2)使用env查看所有环境变量。例如:
env
(3)使用set查看所有本地定义的环境变量。例如:
set
另外,unset可以删除指定的环境变量。

常用的环境变量
PATH 决定了shell将到哪些目录中寻找命令或程序
HOME 当前用户主目录
HISTSIZE 历史记录数
LOGNAME 当前用户的登录名
HOSTNAME 指主机的名称
SHELL 当前用户Shell类型
LANGUGE  语言相关的环境变量,多语言可以修改此环境变量
MAIL 当前用户的邮件存放目录
PS1 基本提示符,对于root用户是#,对于普通用户是$
5,打开终端(terminal)输入sudo gedit /etc/bash.bashrc,(我的是gedit编辑器,有的是vi编辑器),然后把上面的那段安装过程的提示给输入进去     
     ARBHOME=/usr/arb;export ARBHOME
     LD_LIBRARY_PATH=${ARBHOME}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
     export LD_LIBRARY_PATH
     PATH=${ARBHOME}/bin:${PATH}
     export PATH
重新打开终端,然后输入arb,这样就开始你的程序使用吧

注:我一直在重复,不得其解的原因就在于,我打开bash.bashrc后看到里面的文件都有#,所以我也在这段程序前加了#,这样就一直识别不了,其实就只要粘贴复制就好,无数个晚上就浪费在这上面了,安装这个软件的过程让我对ubuntu有了进一步的了解,在这个过程中也感谢叶林师兄(叶林师兄的博客,算是帮他做个推广,很多东西值得学习的:http://www.yelinsky.com/blog/)对我的帮助和鼓励
 
 

0

阅读 评论 收藏 转载 喜欢 打印举报/Report
  • 评论加载中,请稍候...
发评论

    发评论

    以上网友发言只代表其个人观点,不代表新浪网的观点或立场。

      

    新浪BLOG意见反馈留言板 欢迎批评指正

    新浪简介 | About Sina | 广告服务 | 联系我们 | 招聘信息 | 网站律师 | SINA English | 会员注册 | 产品答疑

    新浪公司 版权所有