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[转载]opensourcebrain.org/about.html 页面翻译

(2012-12-01 22:53:47)
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关于

现在有越来越多的不同的大脑区域的详细单神经元网络模型,封装了研究到的解剖和电生理特性的最新数据。这些复杂的模型需要很长的时间来发展,但通常不兼容,只剩特定的模拟格式。

开放源码的脑库(OSB http://opensourcebrain.org/projects/osb)的目标是成为一个标准格式的详细神经元模型公共库,随着新的实验结果、最新的建模范式及模拟器件技术的发展演变的稳定版本

虽然模型可以合作开发成各种模拟器的形式,但最终的目标是让尽可能多的模型,成为NeuroML(http://www.neuroml.org/)格式以确保模块化,可访问性和跨模拟器的便携性。



许多模型已经被转换为NeuroML和neuroConstruct(http://www.neuroconstruct.org/)项目可在这里浏览http://www.opensourcebrain.org/embedded/osb/index.html。

项目分为主题(http://www.opensourcebrain.org/themes),有一些可用的OSB的功能指南(http://www.opensourcebrain.org/guides)。

本的OSB网站还在发展的早期阶段。有关更多信息,请与我们联系info@opensourcebrain.org,或登录OSB announce邮件列表(https://groups.google.com/forum/#!forum/osb-announce),以获取定期更新的进度!


什么类型的模型可以开发? 

在神经系统中的信息处理模式是建立在多层次上的,从高级别的模型中的认知过程和意识到低级别模型中的突触信号转导。在短期内,OSB将集中在尖峰神经元模型( spiking neuron models,),即单个神经元通过将事件发送到目标细胞上的突触进行沟通的网络。在OSB目前正在开发的模型核心是基于电导的神经元模型(http://www.scholarpedia.org/article/Conductance-based)(多层隔离http://www.scholarpedia.org/article/Compartmental_models)。这一类的神经元模型特别适合协同开发,模型的交流通道和突触、或整个细胞模型,在研究中经常重复使用,模型本身是复杂的软件实体。NeuroML V1.X是这种类型的模型,但2.0版的支持已经扩展到更抽象的神经元模型(如缺少完整和fire,自适应阈值模型)。

转换模型组件到NeuroML是增加模型的透明度和可访问性,使它们可用于多个模拟器上使用的关键一步,其他的跨平台技术将被用于支持模型的可移植性。Python脚本语言常用于计算神经科学,并已通过一些OSB模型的目标模拟器。PYNN(http://neuralensemble.org/trac/PyNN)是一个独立规范的模拟神经网络模型的Python包,为建立复杂网络规范是很有用的。仿真实验说明标记语言(SED-ML http://sed-ml.org/)将用于指定的设置以运行模型的模拟映射OSB的模型组件到其他计算生物学结构化语言 也是支持的,如SBML(http://www.sbml.org/),CellML(http://www.cellml.org/)和NineML(http://www.nineml.org/)的。


它的背后是谁?

这个项目开始于伦敦大学(http://www.ucl.ac.uk/)的Silver实验室(http://www.ucl.ac.uk/silverlab/)(Wellcome基金(http://www.wellcome.ac.uk/)资助的项目的一部分),鼓励合作开发计算神经科学模型。


目前许多研究团体和组织参与,开源脑的建立。有关详细信息,请参阅右侧列表中。


有关的其他神经信息学的举措呢?

我们非常渴望有密切联系,与其他神经信息学和计算神经科学的数据库和资料库。许多将被通过使用NeuroML,如所使用的的NeuroMorpho.org,和一些其他的工具和资源(http://www.neuroml.org/tool_support)。NeuralEnsemble(http://neuralensemble.org/)承载了许多的软件工具,将发挥重要作用,在模拟和分析的模型在OSB。

我们也正在跟其他数据库加强联系,如ModelDB(http://senselab.med.yale.edu/modeldb/)原始模型的脚本和NIF / NeuroLex(http://neurolex.org/wiki/Main_Page)模型组件的定义。在NeuroML 2.0中支持SBML(http://www.sbml.org/),CellML(http://www.cellml.org/)将使更多的互动与BioModels数据库(http://www.ebi.ac.uk/biomodels-main/),CellML的模型库(http://models.cellml.org/cellml)。

本组织的简历受到了INCF(http://www.incf.org/)多个地区组织的帮助.




我该如何贡献?

开放源码的脑库仍处于发展的早期阶段。我们很高兴听到这个主动帮助有兴趣的人。我们特别热衷于在计算神经科学的建模,软件开发。请登录,或加入OSB announce邮件列表,定期更新的进展。

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