BLAST+中blastn参数详解(转)
(2010-07-26 10:54:43)
标签:
blast教育 |
分类: 杂七杂八 |
转自----http://hi.baidu.com/lidaof/blog/item/9466b1d311fcc738960a160c.html
与之前的blast相比,新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来,对各个命令的参数定制更加方便
个人在使用blastn的过程中总结了一些自认为常用的参数,总结如下:
blastn -db database_name -query input_file -out output_file -evalue evalue -max_target_seqs num_sequences -num_threads int_value -outfmt format format_string
blastn -db database_name -query input_file -out output_file -evalue evalue -max_target_seqs num_sequences -num_threads int_value -outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident"
例如:
blastn -db plant_rna -query test.fa -out test.out -evalue 0.00001 -max_target_seqs 5 -num_threads 4 -outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident"
blastn:这个不用说了吧,核酸对核酸的比对
-db: 指定blast搜索用的数据库,详见上篇文章
-query:用来查询的输入序列,fasta格式
-out:输出结果文件
-evalue: 设置e值cutoff
-max_target_seqs:设置最多的目标序列匹配数(以前我都用-b 5 -v 5,理解不对请指教)
-num_threads:指定多少个cpu运行任务(依赖于你的系统,同于以前的-a参数)
-outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident" :这个是新BLAST+中最拉风的功能了,直接控制输出格式,不用再用parser啦, 7表示带注释行的tab格式的输出,可以自定义要输出哪些内容,用空格分格跟在7的后面,并把所有的输出控制用双引号括起来,其中qacc查询序列的 acc,sacc表示目标序列的acc,evalue即是e值,length即是匹配的长度,pident即是序列相同的百分比,其他可用的特征(红色字体)如下:
*** Formatting options
-outfmt <String>
alignment view options:
0 = pairwise,
1 = query-anchored showing identities,
2 = query-anchored no identities,
3 = flat query-anchored, show identities,
4 = flat query-anchored, no identities,
5 = XML Blast output,
6 = tabular,
7 = tabular with comment lines,
8 = Text ASN.1,
9 = Binary ASN.1
10 =
Comma-separated values
Options 6, 7, and 10 can be
additionally configured to produce
a custom format specified by
space delimited format specifiers.
The supported format
specifiers are:
qseqid means Query Seq-id
qgi means Query GI
qacc means Query accesion
sseqid means Subject Seq-id
sallseqid means All subject Seq-id(s), separated by a ';'
sgi means Subject GI
sallgi means All subject GIs
sacc means Subject accession
sallacc means All subject accessions
qstart means Start of alignment in query
qend means End of alignment in query
sstart means Start of alignment in subject
send means End of alignment in subject
qseq means Aligned part of query sequence
sseq means Aligned part of subject sequence
evalue means Expect value
与之前的blast相比,新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来,对各个命令的参数定制更加方便
个人在使用blastn的过程中总结了一些自认为常用的参数,总结如下:
blastn -db database_name -query input_file -out output_file -evalue evalue -max_target_seqs num_sequences -num_threads int_value -outfmt format format_string
blastn -db database_name -query input_file -out output_file -evalue evalue -max_target_seqs num_sequences -num_threads int_value -outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident"
例如:
blastn -db plant_rna -query test.fa -out test.out -evalue 0.00001 -max_target_seqs 5 -num_threads 4 -outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident"
blastn:这个不用说了吧,核酸对核酸的比对
-db: 指定blast搜索用的数据库,详见上篇文章
-query:用来查询的输入序列,fasta格式
-out:输出结果文件
-evalue: 设置e值cutoff
-max_target_seqs:设置最多的目标序列匹配数(以前我都用-b 5 -v 5,理解不对请指教)
-num_threads:指定多少个cpu运行任务(依赖于你的系统,同于以前的-a参数)
-outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident" :这个是新BLAST+中最拉风的功能了,直接控制输出格式,不用再用parser啦, 7表示带注释行的tab格式的输出,可以自定义要输出哪些内容,用空格分格跟在7的后面,并把所有的输出控制用双引号括起来,其中qacc查询序列的 acc,sacc表示目标序列的acc,evalue即是e值,length即是匹配的长度,pident即是序列相同的百分比,其他可用的特征(红色字体)如下:
*** Formatting options
-outfmt <String>