红遍全球的《超级马里奥》系列，在1990年11月也随着任天堂新一代电视游乐器主机SFC的登场，同步推出系列正统续篇新作《超级马里奥世界》。

游戏故事接续前3代，叙述3次击退乌龟大魔王库巴侵略、保护蘑菇王国安全的马里奥兄弟，与碧姬公主一同来到神奇的南方岛屿“恐龙乐园（Dinosaur Land）”度假。不过刚抵达岛屿后碧姬公主就不见踪影。拼了命寻找碧姬公主的马里奥兄弟，发现了岛上有着奇怪的蛋，打破之后里面出现了名叫耀西（Yoshi）的绿色恐龙。耀西说最近岛上出现了长得像乌龟的怪物，以魔法征服了恐龙乐园，并将传说的3色耀西也困在蛋里。得知来龙去脉的马里奥兄弟，于是与耀西一同启程，踏上拯救碧姬公主与恐龙乐园的冒险旅程。
 

《超级马里奥世界》充分运用SFC全面进化的影音处理能力。显示色数由52色中25色提升至32768色中256色，并搭配双重滚动条、半透明迭色、放大缩小回转等特效，大幅提升整体演出效果。音效由简陋的合成方波提升至8声道真实取样ADPCM音源（音效芯片由Sony提供，设计者就是后来的PS之父久多良木健），并具备回音等特效，不论是音乐或是音效的整体呈现上都显得更为丰富多变。游戏基本架构承袭前作《超级马里奥兄弟3》，都是在“原野地图（Field Map）”上依照路线移动，选择想要挑战的关卡进入展开冒险。不过这次的地图并不区分为独立的世界，而是相互连接的恐龙乐园各区域，每个区域间都有小库巴把守的城堡阻挡去路。玩家可选择挑战自己喜欢的关卡与路线来攻略，部分关卡可透过取得钥匙的方式来开启隐藏路线，其中包括可一路跳关到最后直接打大魔王库巴的星光之路（Star Road）。这次的卡匣终于加入电池记忆功能，可以保存游玩的进度下次继续。操作部份最大的变更处在于多了“旋转跳（Spin Jump）”的招式，当施展旋转跳时，不但可以踩踏部分一般跳跃不能踩踏的东西或是把敌人连壳都不留地打倒，在超级马里奥以上的大型状态时，还可以踏破特定方块。另外，这次拿起龟壳等对象时还可以往上抛或是放下地。另外还准备了可以储存1个变身道具的字段（显示在画面上方中央）。在变身形态部分，除了承袭传统的超级马里奥与火焰马里奥之外，前作登场的尾巴马里奥、狸猫马里奥、青蛙马里奥、铁锤马里奥与跳跳靴马里奥这次都没有登场，取而代之的是能滑翔飞行的披风马里奥与能像气球般飘浮的气球马里奥。
除了马里奥本身的动作进化之外，这次最大的特色就是加入了坐骑“耀西”。游戏中马里奥可以打破途中获得的蛋来解放受困的耀西，并骑乘它进行冒险。骑乘耀西如果遭受敌人攻击的话，马里奥不会受伤但耀西会慌慌张张的逃跑，此时只要抓准时机跳到耀西背上，就可以再次驯服耀西。耀西的踩踏威力与旋转跳跃相同，可吐出长舌吞下物品。当吞噬的是龟壳或是道具时，则是会含在嘴巴里一段时间，还没吞下肚前都可以吐出。耀西吞下特定颜色的龟壳时会具备特别的能力，包括：红色龟壳：含住吐出时会变成三向火球飞出、蓝色龟壳：含住时可连按跳跃钮飞行、黄色龟壳：含住时跳跃着地会发出烟尘伤敌。
 除了一般的绿色耀西之外，游戏中还会出现红色、蓝色、黄色的“传说耀西”。传说耀西出现时会是幼龙姿态，必须抱着它吃下足够的敌人或是道具才会长大成龙。传说耀西本身就能发挥与上述颜色龟壳相同的能力，红色耀西不论含住什么龟壳都能吐出火球，蓝色耀西不论含住什么龟壳都能飞行，黄色耀西不论含住什么龟壳都能发出烟尘伤敌。初次登场的耀西大受欢迎，因此后来还推出了由它单挑大梁的《耀西》系列。《超级马里奥世界》全球总共卖出2061万套，是SFC/SNES游戏销售之冠。

《马里奥绘图（Mario Paint）》（SFC，1992年7月）
 《马里奥绘图》是搭配SFC鼠标周边推出的简易绘图工具，让玩家透过鼠标在电视上涂鸦，还可以将画面切为多个画格来制作简易动画，还可以搭配附属的简易编曲机来制作配乐。除了绘图编曲功能之外，还收录了使用鼠标光标控制苍蝇拍打苍蝇的小游戏。由于硬件规格上的限制，《马里奥绘图》的绘图功能相当简单，只能使用16种颜色与各式印章工具在低分辨率的画布上作画，加上创作出来的作品保存不易，因此并没有造成太大风潮。反倒是附属的编曲机因为能演奏出具备浓厚SFC风格的音乐，加上接口逗趣操作简单，后来甚至有同好仿制了功能较强的PC版《马里奥绘图编曲机》软件免费释出，因此后续一直都有创作者使用这个编曲机编出各式各样的乐曲上传到影音共享网站。虽然《马里奥绘图》没有掀起太大涟漪，不过后来在SFC卫星系统与N64磁盘驱动器系统都有推出续作，创作工具甚至还沿用到2009年4月推出的NDS《本大爷工坊》中。

《超级马里奥赛车（Super Mario Kart）》（SFC，1992年8月）
 要造就一个类型的经典已经是件相当不容易的事，要造就两个类型的经典几乎是不可能的任务。不过就在1992年8月，任天堂再度以《超级马里奥》系列跨足小型赛车（又称卡丁车）领域的《超级马里奥赛车》，向全世界证明马里奥就是有办法能人所不能。《超级马里奥赛车》是1992年8月在SFC推出的趣味赛车游戏，以《超级马里奥》系列角色结合小型赛车题材，并搭配与游戏世界观完美融合的多样化趣味规则玩法，再度掀起另一股不同于以往的趣味赛车类型风潮，奠定了《马里奥赛车》系列的经典地位。《超级马里奥赛车》的诞生是起源于SFC初期的科幻赛车游戏《F-ZERO》。由于SFC具备其他竞争机种所没有的“Mode7”绘图模式，可针对一整面背景（BG）进行扩大缩小回转透视处理，能营造出近似3D空间平面的效果。此功能于是被应用在随SFC同步推出的《飞行俱乐部》与《F-ZERO》等游戏中，用来模拟3D立体世界的地面。在完成了《F-ZERO》这款单人游玩的科幻赛车游戏之后，开发团队随即着手开发可双人游玩的赛车游戏，一开始尝试的原型是让身着工作服的3头身角色驾驶小型赛车，过程中自然而然地套用了同样身着工作服的马里奥。为了增添双人游玩时的交流互动，于是加入了相互陷害的“道具”概念，风靡全世界的《超级马里奥赛车》就这么诞生了。游戏中收录4种不同特性的角色车种组合，包括：标准性能车：马里奥、路易吉，加速重视车：碧姬、耀西，高速安定车：库巴、大金刚二世，轻量敏捷车：慢慢龟、奇诺比奥。游玩模式分为单/双人8台赛车角逐积分优胜宝座的“马里奥赛车GP”模式、单人1台赛车缔造最快完成赛道成绩的“竞时”模式、双人2台赛车争先抵达终点的“VS对战竞速”以及双人2台赛车在专属碰碰车场地比赛谁先戳破对方3颗汽球的“战斗”模式。在《超级马里奥赛车》中，最受玩家欢迎的，莫过于可扭转局势破坏友情的“道具”了，这也是《马里奥赛车》系列欢乐的泉源之所在。在这款奠定系列作基础的SFC初代作中，收录了全系列一贯的3大类型道具，分别为“强化”、“攻击”与“陷阱”。强化道具包括可瞬间加速弹开对手的“蘑菇”、一定时间内无敌且加速力与最高速度提升的“无敌星星”、可高高跳起避开攻击的“羽毛”。攻击道具包括直线飞出反弹撞击对手的“绿龟壳”、飞出后会自动追踪对手的“红龟壳”、放出闪电电击所有对手的“闪电”。陷阱道具包括会让对手打滑旋转的“香蕉皮”、触碰后会变小的“毒蘑菇”。在后续系列作中，则是增加了更多趣味性十足的道具。另外，《马里奥赛车》系列独特的甩尾、加速操作，也是广受欢迎的特色之一。《超级马里奥赛车》全球总共卖出876万套，虽然不如本家的《超级马里奥世界》全球2061万套成绩，不过在日本《超级马里奥赛车》却以382万套的佳绩超越了《超级马里奥世界》的355万套，充分显示其所具备的双人同乐魅力成功获得日本玩家的青睐。《超级马里奥赛车》奠定了此类Q版卡通风格小型赛车的典型，后续像是《陆行鸟大赛车》、《跑跑卡丁车》等游戏，都是脱胎自《超级马里奥赛车》的架构与玩法。
《超级马里奥收藏集（Super Mario Collection）》（SFC，1993年7月）
 经典总是让人回味无穷，任天堂的经典更是强力无比的吸金机器。1993年7月，为了庆祝FC推出10周年，任天堂推出了集合4款FC《超级马里奥》系列重制版的《超级马里奥收藏集》，以全面翻新的影像与声音重现昔日经典内容。《超级马里奥收藏集》中收录了：《超级马里奥兄弟》、《超级马里奥兄弟2》、《超级马里奥兄弟USA》（1992年9月才刚在日本推出FC版）、《超级马里奥兄弟3》。这4款奠定《超级马里奥》系列经典地位的FC作品，以SFC规格翻新画面音效，替经典内容大幅增色，部分内容设定配合重制加以改动，并追加电池记忆存盘功能。这款经典重制合辑在欧美则是以《超级马里奥全明星合辑（Super Mario All-Stars）》为名，于1993年8月在北美推出，其中日本版的《超级马里奥兄弟2》成了欧美版的《超级马里奥兄弟：失落的关卡（Super Mario Bros：The Lost Levels）》，《超级马里奥兄弟USA》则是成了欧美版的《超级马里奥兄弟2》。后续则是在1994年12月随SNES同捆推出额外收录《超级马里奥世界》内容的《超级马里奥全明星合辑+超级马里奥世界》。《超级马里奥收藏集》在日本共卖出212万套，与其他SFC强打新作相比毫不逊色。而且在相隔17年后的2010年10月，任天堂又再次将这款SFC重制合辑“原封不动”地移植到Wii上，并搭配精选配乐CD与纪念小册子，以25周年纪念的《超级马里奥收藏集特别包装》形式推出，又缔造超过60万套的销售佳绩，可说是令其他厂商自叹不如。
《耀西的探险（Yoshi's Safari）》（SFC，1993年7月）

同样在1993年7月，任天堂推出了以《超级马里奥世界》初次登场的小恐龙耀西为主题的SFC光线枪专用射击游戏《耀西的探险》。在这款必须搭配选购SFC光线枪（炮？）周边“超级瞄准镜（Super Scope）”游玩的游戏中，玩家将扮演骑乘耀西的马里奥，以第一人称方式使用超级瞄准镜来打倒沿途出现的敌人，夺回库巴抢走的12颗宝石。游戏的玩法相当直觉简单，只要把画面上出现的敌人全部打败、在时间限制内过关即可，耀西会自动沿着既定的路线前进，碰到叉路关卡时可以射击闸门改变行进路线。
《超级马里奥耀西岛（Super Mario：Yoshi's Island）》（SFC，1995年8月）
 
之前的《耀西的探险》虽然标题是挂耀西，不过事实上玩家操作的是骑乘耀西的马里奥，而这次的《超级马里奥耀西岛》则是真正以小恐龙耀西为主角的游戏。由于被定位为《超级马里奥世界》的续作，因此在欧美的名称是《超级马里奥世界2：耀西岛》。《超级马里奥耀西岛》采用了洋溢着温馨童话风格的蜡笔涂鸦风格美术设定，并藉由卡匣中配备的“SuperFX”辅助绘图芯片，呈现出超越SFC原本绘图能力的美丽画面。游戏故事叙述在送子鸟将还是婴儿的双胞胎兄弟马里奥与路易吉运送到两人双亲处的途中，由于乌龟一族的龟法师（Kamek）透过占卜得知这对兄弟未来将成为乌龟一族的克星，于是派员动手拦截两人。过程中弟弟小路易吉被龟法师抢走，哥哥小马里奥则是不小心从空中坠落，不过很幸运的刚好落在耀西岛上生活的某只耀西背上而毫发无伤。为了代替送子鸟将双胞胎婴儿小马里奥与被绑架的小路易吉送抵两人双亲处，热心的耀西们于是接力背起了小马里奥，展开闯荡6个世界各8个关卡的救婴送子冒险。游戏中玩家将扮演耀西展开冒险，操作方法与耀西初次登场的《超级马里奥世界》大同小异，其中自然少不了系列招牌的“踩踏”与耀西特有“吞食/吐出/吞下”等招式，之外还包括原创的“臀部撞地”与“掷蛋”。马里奥独特的变身形态，在本作中也被耀西所继承，在特定的关卡中耀西会变身为直升机、钻地坦克、潜水艇、机关车与汽车。《超级马里奥耀西岛》全球总共卖出412万套，是《耀西》系列销售之冠。后续《耀西》系列还推出包括N64《耀西的故事（Yoshi's Story）》（N64，1997年12月）、倾斜主机来游玩的GBA《耀西的万有引力（Yoshi's Universal Gravitation）》（GBA，2000年12月）与活用触控功能的NDS《捕捉！触摸！耀西！（Yoshi Touch & Go）》（NDS，2005年1月）等系列作，并于相隔12年后的2007年3月，推出了《超级马里奥耀西岛》的续作NDS《耀西岛DS（Yoshi's Island DS）》（NDS，2007年3月）。

《马里奥网球（Mario Tennis）》（VB，1995年7月）、《马里奥混战（Mario Clash）》（VB，1995年9月）“VB是任天堂最惨痛的教训（战略远视眼）”
 

身任天堂一哥的马里奥，在每次新主机推出时，都必须肩负起提升普及台数的重责大任。1995年7月首款支持3D显示的“Virtual Boy（VB）”问世时，马里奥自然也免不了奔波劳累，7月随VB同步推出《马里奥网球》，9月接着推出《马里奥混战》。VB的《马里奥网球》是马里奥首度跨足网球领域的作品，之所以会选择在VB推出，主要看中VB所能呈现的3D远近立体感。游戏中可以选择马里奥、碧姬、奇诺比奥、大金刚二式等7名角色来游玩。《马里奥混战》则是以系列原点的《马里奥兄弟》为基础所制作的动作游戏，让玩家在类似《马里奥兄弟》的立体下水道关卡中对抗乌龟一族。由于VB推出后遭遇重大挫败，因此VB上的《马里奥》系列前后只有这2款，没有造成多大话题，而且VB的画面只能独自观看，大多数的玩家甚至无缘亲眼目睹。

《超级马里奥 RPG（Super Mario RPG）》（SFC，1996年3月）
 说起马里奥的外部合作开发计划，就不能忘了1996年3月由任天堂与当年的角色扮演游戏（RPG）霸主SQUARE合作的梦幻名作SFC角色扮演游戏《超级马里奥 RPG》。《超级马里奥 RPG》是以经典角色扮演游戏《Final Fantasy》系列扬名的SQUARE担任开发、以马里奥为题材的角色扮演游戏，由《马里奥》之父宫本茂担任制作人，藤冈千寻担任总监，下村阳子担任配乐，《Final Fantasy》之父坂口博信挂名制作顾问。这次的故事叙述库巴照惯例绑架了碧姬公主，马里奥也照惯例地前往库巴城堡救美，不过就在此时突然发生巨大的冲击，马里奥、碧姬与库巴都被这波冲击弹出城外。冲击的来源是一把直插库巴城堡的巨剑，这柄还把剑能实现这世界人们愿望的“星光之路”打破成7块“星光碎片”掉落地上，让这个世界成了“不能实现人们愿望的世界”。同时，世界各地出现了带给人们苦难的武装集团“卡吉欧军团（Kajio Corps）”，为了与企图征服世界的新敌人战斗，并收集星光碎片修复星光碎片，马里奥于是与有着白色软绵绵身体的玛洛（Mallow）以及附身木偶的星之精灵吉诺（Geno）一同展开冒险。以往的《超级马里奥》系列游戏大多半是动作类型，因此在剧情设定与铺陈上较为单纯。这次角色扮演类型的《超级马里奥 RPG》则是在SQUARE制作团队操刀之下，有着丰富的剧情演出。互为死敌的马里奥与库巴，这次也为了共同的敌人破天荒携手合作。为了重现《超级马里奥》系列一贯的跳跃动作风格，游戏中采用了具备丰富地形高低差的45度视角地图，玩家熟悉的马里奥在地图上移动时一样得经常跳来跳去。遇敌部分采用碰到画面上的敌人来展开的“触发式遇敌”，战斗部分则是采用标准的指令回合制，敌我双方会依照敏捷度高低依序行动，同时融合了实时的动作指令输入，当攻击时抓准时机按下按钮就可以增加攻击威力，遭受攻击时抓准时机按下按钮则是可以减轻伤害。在动作与赛车领域都有一番斩获之后，任天堂选择与SQUARE合作，将马里奥导入角色扮演游戏领域。由于两家都是一方之霸，因此这样的梦幻组合相当受到当时玩家的注目。虽然推出当时PS与SS都已经上市1年多，N64也在3个月后上市，不过在32Mbit大容量卡匣与SA-1辅助处理芯片的加持下画面表现毫不逊色，加上马里奥题材的强大威力，仍在日本创下147万套的销售佳绩，算是SFC末期游戏中销售最亮眼的一款。不过很讽刺的是在《超级马里奥 RPG》推出前夕，SQUARE就正式宣布将在SCE阵营的PS上推《FinalFantasyVII》，任天堂与SQUARE关系就此陷入冰点长达6年，直到2002年才解冻，并于2006年7月再度合作推出NDS《马里奥篮球3对3斗牛赛》。