这个故事是馆系列最厚的一部了，像其他人说的一样，它将曾经的一系列的馆串连起来，讲述了那一系列馆的设计者中村青司的年轻时的原始之事。同时也说明了一直与青司设计的馆有着千丝万缕联系的江南孝明与这座黑暗馆的联系。
本来就是讲得很厚的故事，又是推理，所以很多小细节都会事未来一个个迷团揭开的提醒。所以说起来比较复杂。没看过的还是不要看这篇，是为了对看过的故事今后有个方便的回忆，才写的这篇文字。会从结果讲起。如同剧透了。
故事主要讲1991年，江南孝明母亲去世，他从每亲那里得到了祖父的遗物------ 一块刻着名字缩写T。E的一块怀表。他在葬礼的宴席上碰到了舅爷远藤。舅爷是个收藏旧物拍卖的人，江南孝明的祖父就是从他那里看到了那块T。E的怀表，要来的。
舅爷偶然提起了在某地一个深山中有一个形似猿猴脚印的大湖，湖边有一座黑暗馆，极其神秘。据说山那边的村子里的人都说那里会发生恐怖的事情，很多的人在那边消失了。所以山那边的黑暗馆一直是附近村民的一个禁忌，大家都不敢去那里。另外，那个黑暗馆的设计者是中村青司。
听到这个名字，江南孝明不由自主的想去这个黑暗馆探下究竟。他拿了祖父的遗物那块怀表。他临走没有找到好朋友侦探岛田洁（就是现在以“鹿古”为笔名的侦探小说家）。他给岛田电话留了言，然后独自一个人租了车往黑暗馆开去。路上经过熊本市下属的一个杂货店，碰到了大约50岁的左脸有伤的店主。向他打听黑暗馆的事。店主告诉他，那边最好不要去，很危险。
江南孝明下定决心要去的，一个人开车上了大雾的路。途中看到了写着“此后地界为浦澄家领地，他人严禁入内”的告示，当他无法回头，私入领地之时，地震发生了。他在震中左手轻微受伤，车也坏了。他只好徒步往若隐若现的黑暗馆走去。走到湖边，发现有个小屋，屋后停着船。黑暗馆在湖对岸。小屋里无人，小屋应该是作为对岸的黑暗馆的门房的用处。和临时停靠船，出入第一道关口。
无人，江南孝明自己解船渡到对岸的黑暗馆，黑暗馆周围是石头的围墙，将馆挡在里面。大门也无人应。没锁。自己进来了。发现一侧有个石塔，上塔，眺望，能看到黑暗馆全貌，分东西南北四组建筑，四条踊路相连，如同十字，中间交叉点上是个小的屋子，单独在那里。由于围墙档着，塔上也看不到外面的湖水，角度比较好，正好能挡住。
看到东馆有个人影在窗前，茶色衣服。正看时，忽然又一次地震，江南孝明从塔上掉落。昏迷。然后进入昏睡的梦中。
下面就是江南孝明昏睡期间所谓的梦。其实是33年前的真实的事情。
33年前，1958年，一个叫江南忠孝的年轻人（似乎应该和1991年的江南孝明没有特别大关系，他们那个地区叫江南的人很多），江南忠孝因为母亲在太平洋战争中受美军原子弹袭击，辐射，得了白血病，但因为某种原因死不了，所以非常痛苦，让江南忠孝杀死自己。临去世的头几天告诉江南忠孝一旦有什么事活不下去，就拿着一块刻着T。E（“江南”缩写字母）的怀表去一个有黑暗馆的地方找那里的馆主浦澄柳士郎，他会帮助他的。
江南忠孝看到母亲痛苦的样子，用带子结束了母亲痛苦的生命，自己也因为受到刺激精神失常，被关在精神病院。他不知道是怎么自己来到了黑暗馆，渡湖，登塔，看到了东西南北四组建筑。并在东馆窗户上看到了窗边的人影。和33年之后的东京的编辑江南孝明一样。同样也因为地震，在塔上摔落。昏迷不醒。比33年后还糟糕的是，他失忆了，不会说话了。
此时1958年，在黑暗馆东馆窗户边的人影是被当时的馆主浦澄柳士郎的儿子浦澄玄儿邀请来做客的建筑系的大学生19岁的，被浦澄玄儿称做“中也”的好朋友。玄儿和“中也”是几个月前因为一场车的事故认识的。当时“中也”去一个风格怪异的建筑写生。回来的路上，被在东京上医科大学的玄儿的车挤到了路边的草丛里，摔了，导致失忆。被玄儿救下之后，在恢复记忆之前一直都和玄儿在一起度过。玄儿用自己喜欢的诗人“中也”这个名字来称呼他。几个月后，中也恢复记忆，想起了自己的名字，学校等等。其实他就是中村青司（当然这是在这小说最后的最后才告诉我们的，以下我们还是把这个人称做“中也”吧）。玄儿在中村青司恢复记忆后依然和他保持着良好的朋友关系，同时依然叫他为“中也”。玄儿在东京自己住的家，就没有什么镜子之类的东西。不过当时中也没在意。玄儿也告诉他，他父母家也不喜欢晒太阳什么的。
暑假，玄儿请中也到家里----远在深山的黑暗馆做客，说那个馆的建筑非常奇特，中也会感兴趣的。奇怪的秘密一个接一个的到来。
首先，送他们渡湖的是一个驼背的面相有点凶恶，基本不说话的老佣人蛭山。这是中也看到的第一个黑暗馆里的人。
然后，刚到玄儿家的中也在窗边就看到地震中一个人从十角塔上摔落下来。他和玄儿一起出东馆赶过去，途中看到一个弱智的孩子慎太。根据介绍，他是馆中一个女佣人鸟取忍的儿子。慎太告诉他们那个摔下来的人在哪里。他们抬回那个年轻人，周围没有任何能证明他身份的东西，除了一块怀表（其实有钱包，钱包里还有照片，但钱包被爱收藏各种破烂玩意的慎太当宝物捡走了）。江南忠孝（当然我们也是在最后解迷时才知道他的名字）失忆了，不能说话，身体虚弱，在专门给客人准备的东馆一直休息。
然后中也一个个碰到了住在黑暗馆的人们。以前是护士的女佣人鹤子。一个男厨师，这些佣人住在南馆。南馆还有很多以前用人的屋子，现在大多不用了。
住在东馆的除了中也，失忆的年轻人江南忠孝，还有来这里做客的超爱喝酒的伊佐夫。这个人是玄儿的舅舅首藤与前妻的孩子，他和父亲首藤，继母茅子一起在前两天来到黑暗馆，他们不常来，这次是因为第二天是
一年一次的浦澄家举办的盛事----达利娅之夜的活动。虽然他们没有被邀请去参加，但是通过对话，中也知道他的父亲和继母极度想参加这个宴会。要吃到所谓的“肉”。
然后中也又看到了一个个怪异的人物。浦澄玄儿同父异母的两个妹妹16岁左右的美鸟和美鱼。她们是H型连体双胞胎。她们的妈妈，也就是玄儿的继母，同时也是玄儿的姨妈（既玄儿生母康娜的三妹妹），浦澄柳士郎的第二任妻子美惟。她因为受到产下H型连体婴儿的惊吓精神受了刺激，现在基本不说话，固定时间到音乐室弹桌子（把桌子当成曾经的风琴）。馆里的报时钟传出的音乐都是她自己年轻没精神失常时做的曲子。
中也还看到了玄儿的姨夫征顺和姨妈望和。征顺（后来中也，也就是年轻的中村青司通过电视上介绍一个奇怪建筑时发现他能准确说出那建筑的颜色，判断出他其实是建筑家）。他是入赘到浦澄家。娶了玄儿的四姨妈望和。他们的孩子是得了早衰症的阿清。望和因为孩子天生早衰，也精神失常，和姐姐美惟相反，她是到处找阿青，总怕把阿青丢了，觉得对不起阿清，希望替阿清死。她没事就在画室做画。
玄儿还有个二姨妈叫麻娜，也是因为得了早衰症死了。
这些家族内部成员主要住在北馆。住在北馆的还有浦澄柳士郎的好朋友野和医生。他是浦澄家族投资的熊本市内的医院凤凰院的医生。也是浦澄家族的家庭医生。住在北馆的还有刚才前面提到的首藤表舅和妻子茅子。他们的儿子，大酒鬼伊佐夫因为很讨厌这个黑暗馆的一些信仰，传统，事情，所以坚持住在客人所在的东馆。
住在西馆既中心之馆，内馆的是主人患了严重白内障的浦澄柳士郎。还有前几代馆主的各个已经不用的书房，卧房，被锁住的18年前的杀人案件发生地，还有首代馆主为妻子达利娅修的卧房等等。
另外还有一个活影子，90岁左右的老用人鬼老丸。他可以参加达利娅之夜的宴会，负责上菜倒酒，同时他还负责守护馆主都不能轻易进入的浦澄家的墓地---迷失的笼子（一个地下室）。这个地方也就是1991年馆重新建后的十字踊路的中间那个小屋。下面有地下室的。
整个黑暗馆四馆之中都有不用的暗道，同时传话都用传声筒，铃铛等东西传讯。馆内窗户大多是有色玻璃，遮盖眼光，整个屋子不是黑色就是红色或深蓝色。屋内摆设统一都是黑色，基本没有镜子。有时不开灯，主要用蜡烛。
中也在很多人怪异，嫉妒的目光中被破格邀请参加了达利娅之夜的宴会。在众人的目光中被迫吃下了极其恶心的“肉”和“酒”。
在湖对边的蛭山因为地震中被家具砸中了身体，受了伤，开摩托艇回主馆时又因伤势驾驶摩托艇撞到了岸上，导致受重伤。被野口野生断定第二天就会死去。
第三天，又在画室发现被勒死的姨妈望和。同时发现窗户破了，犯人逃出去时，正巧被从山那边村子里单独来冒险的小学生市郎看到了一眼面容。市郎自己不听劝告，来探险，中途看到了被勒死的尸体。后来又度过了年久失修的栈桥。来到岛上。他首先误撞到慎太的秘密基地，发现了慎太捡回来的怀表和钱包，看了包里的一个女人和一个孩子的照片。后来因为外面连天下雨，他高烧，只好潜进黑暗馆，碰到杀人现场。
整个黑暗馆因为浦澄柳士郎要求保住家族的秘密，不想让医生和警察介入，同时又因为下雨，馆内停电，电话线坏，栈桥被市郎踩断，小船飘走，又因为以前鬼丸老的妻子孩子被溺死在湖里，导致大家都不敢下湖去找回小船。所以黑暗馆处于孤立状态。
渐渐，玄儿说出了很多中也不知道的浦澄家的历史。第一代馆主浦澄玄遥超有钱，原配夫人和一子一女得了疫病死后，游走到威尼斯，遇到意大利美女达利娅，达利娅是那种希望到其他国家居住的女子，家庭背景不祥，据说和所谓的黑暗之王签定了黑暗的协定，既喜欢黑暗，换得永生。她与玄遥回日本途中遇到玄遥大病，她给他喝了自己的血。后来玄遥也有和不死之身。浦澄家族世代信奉这个。浦澄玄遥在达利娅50岁之时，看到自己的女儿樱子酷似达利娅当年，便占有了女儿，生下康娜。樱子自杀。自杀是信黑暗永生的禁忌。死后就变成如植物人一样的人。总之就是死不了活不了的。其实估计按现在科学解释是上吊后又缓回口气。通过望和姨妈的画，又猜出白头发三个脚趾的人强行和康娜发生了关系。后来经去“迷失的笼子”证实，玄遥有合趾症。而且Y染色体遗传，既所有男性后代会有这个特征。
樱子的丈夫卓藏因为想得到不死的肉和玄遥的财产，入赘到这里，虽然知道父女的这种行为，却最后听了玄遥的摆布。达利娅却因为虽然获得永生却不能不老，又因为丈夫和女儿有那种关系，所以极度想找到不老的秘方。她疯狂了，抓了13个山那边过来的年轻女人和儿童。实验性的喝她们的血。但依旧没有找到办法。后来她为了使长生留存，又不能犯自杀禁忌，便让家里的人一起把她杀死。留下遗言死后她的肉和血保存，给家族的人吃。从此他们用腌渍的办法把肉储存，把血晒干成粉末。每年举行达利娅之夜的宴会，让直系亲属和其配偶吃。中也之所以被邀请，是因为浦澄柳士郎一直都想把脱离玄遥这一族系，让信得过的外人来加入这个行列，使长生不再局限于玄遥这个基因里。
后来玄遥18年前既1958年被浦澄柳士郎杀死。同时，柳士郎提前杀死卓藏，嫁祸他杀了浦澄当年92岁的玄遥。之所以杀死玄遥，是因为浦澄柳士郎发现了玄遥不仅和女儿樱子发生了关系，生下了康娜，同时还和自己的外孙女康娜发生了关系，生下了玄儿。因为她们都长得像达利娅。而浦澄柳士郎非常爱自己的妻子康娜，他愤恨玄遥，愤恨玄遥和康娜的孩子玄儿。同时，因为康娜为生玄儿而难产死亡，所以更加恨玄儿。所以他把玄儿囚禁在了十角塔上9年。在这期间浦澄柳士郎和女用人诸居静生下了自己的孩子忠孝。诸居静做了玄儿的奶妈。9岁的玄儿长得越来越像康娜，浦澄柳士郎把他放了出来。让他在当年的达利娅之宴上吃了长生肉。那晚达利娅之宴后，他拿了卓藏屋里的烧火棍打死了玄遥。正巧刚从塔里出来的玄儿想来问曾外公爸爸为什么会恨他。结果看到玄遥倒地，屋里有个人影。紧接着浦澄柳士郎从旁边达利娅的卧室出来，问他怎么了，9岁的玄儿不知道有镜子这种东西，因为玄遥和达利娅两个屋之间的墙壁有一个能转的暗门。一侧是这馆里唯一的镜子，是为了达利娅验证自己是否真达到了长生不老的最高境界，也就是第三境界，既从镜子里看不到自己的影子了而设置的。因为浦澄柳士郎从暗本走了之后，本来自动合上的暗本因为玄遥手的档住，导致没有及时关上，玄儿误把自己在镜子里的影子，看成了杀人凶手。从而导致了凭空活人消失这么个不合理的线索，导致浦澄柳士郎逍遥法外。
后来玄遥被装进棺材进入墓地“迷失的笼子”后，又恢复了意识和行动，只是精神，记忆什么的没了。一直在迷失的笼子的地下室生活，由鬼老丸每日送饭。
后来不久，北馆着火，玄儿和忠孝在火中都失忆了，浦澄柳士郎决定将他们对调。因为鬼老丸是个守口如瓶的人，不用担心。其余用人全部辞退。答应诸居静给她和忠孝都吃了达利娅的长生肉。并给了诸剧静达利娅传给康娜的遗物，那块怀表。
以上大概就是这家的历史。
然后在寻找18年后杀死望和等两人的杀人凶手时，逐步提出凶手应该知道诸居静室内的暗道，而不知道望和画室壁炉里的暗道。偶然的地震使美鱼美鸟两人摔地，她们已经做手术分开的身体的事实说明她们不是杀望和的凶手。因为如果因为壁炉暗道太小，她们可以恢复两个人的身体分别钻过去，而不用打碎玻璃。后来又让市郎确认。市郎说这个犯人面孔比较熟悉。大家又看到了失忆的年轻人江南脚上的分离脚趾的手术痕迹。才知道他就是真正的浦澄玄儿。而现在的玄儿是真正的忠孝。诸居静改嫁到江南家，从此改姓江南。
真正的玄儿，也就是来到馆里的这个江南忠孝杀死母亲后精神失常。首藤表舅得到了他的真实身份后，决定将他从精神病院带出来，逼迫浦澄柳士郎让他和茅子也能吃上长生的肉。但回来中途遭遇地震，首藤受重伤。假江南忠孝看到他痛苦的表情那种替人解脱的想法又产生了，勒死了首滕。尸体被探险来的市郎看到。这个真正的玄儿靠儿时的记忆来到黑暗馆，走到熟悉的塔上。后来慢慢恢复记忆的时候想起小时候的诸居静卧室里的密道，杀死了同样非常痛苦的蛭山。通过漏音的传声筒听到了望和阿姨要替阿清死的那些话，又去结束了望和的命。看到美鸟美鱼因为分开而痛苦，又杀死了受伤的美鱼。
最后浦澄柳士郎为了获得真正的复活，在南馆糟雷击着火后，蔓延到西馆的同时，把真玄儿拉进了屋里，反锁，点燃了屋里。假玄儿也在隔壁达利娅的屋不出来。最后三人烧在那里，尸骨不知道去向。市郎为了救慎太，脸烧了，他就是1991年江南孝明问路时遇到的杂货店老板。
以前水车馆的馆主幻想画家藤沼的很多画都在这个黑暗馆里出现，特别是掩盖唯一的镜子的怀表型的画。也许他真的有预见。还有迷宫馆馆主送给本名中村征顺，入赘后叫浦澄征顺的原建筑师的书籍。
大火后，浦澄征顺请中也（既中村青司和他一起重新建这个黑暗馆）。后里很多东西都拍卖了，包括那块怀表，卖给了后来这个江南孝明编辑的远藤舅爷。
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