公元1703年，贡却杰布在后藏仲曲河谷的萨迦地方修建了萨迦派的第一座寺庙——萨迦寺。以后以萨迦寺为主寺，不断发展，自成一派，遂称“萨迦”。又因该教派在寺庙和僧侣、教徒的住房外墙上涂以红、白、黑三色条纹，以红色象征文殊菩萨，白色象征观世音菩萨，黑色象征金刚手菩萨，故俗“花教”。该教曾获得元朝中央政府的大力支持，成为西藏地方掌握政、教两权的显赫教派，其第五代八思巴曾被封为元朝国师兼管总制院事。

       萨迦派有以下几个特点：

       第一、萨迦派在教法上一直重视并沿用“道果法”。“道果”教法有三个次第，即：“首应破非福，次则破我执，后破一切见，知此为智者”。第一个次第即“首应破非福”，即今生修福、修法者不可做恶业、坏事，专行善事，来事便可升入“三善趣”（人、阿修罗、天）；第二次第为“后则破我执”，即升入“三善趣”者，并未脱离轮回之苦，应认识到人生无常，世间万象皆因缘凑合而非实有，要淡薄乃至消除任何欲念解脱一切烦恼和痛苦；第三次第为“后破一切见，知此为智者”，即继续苦修苦炼，断除物质存在的“常见”和一切皆空的“断见”，真正领悟佛法，获得完全解脱。

       第二、以“时轮金刚法”和“金刚持法”为基本教义。并主张显密双修，两教并重。

       第三、该教派寺庙的活佛通过转世承袭，法王系统则采取娶妻生子继承。

       萨迦派于13世纪传入康区。宋末，德格土司第28代兄鲁多吉从师萨迦第四祖萨班·贡噶坚赞，在遍修噶举、宁玛两派教义的基础上，精修萨迦经典教法；后其29代索郎仁青亦为萨迦名僧，曾任八思巴膳食堪布。1260年左右，索郎仁青在白玉县萨玛村创建了康区第一座萨迦派寺庙——萨玛寺。1265年，八思巴从北京返回萨迦，途径康区，开辟萨迦道场，讲经说法。先后在道孚弥勒寺、康定塔公寺、白玉囊甲寺安置佛像；并将八邦寺、仲萨寺、汪堆寺、银南寺、龚垭寺、白垭寺、俄支寺、柯洛寺、嘎伦寺等寺庙改教为萨迦寺；并派弟子在康定东俄洛高尔寺山建高尔寺。1268年，又派人到新龙传播萨迦教义，并任命雄巴桑珠为头人，负责萨迦佛事活动。13世纪末、14世纪初，萨迦派又派僧人在大渡河流域讲经说法，修寺建庙。元末，萨迦派已在康区得到较大发展。但随着元末西藏帕竹地方政权取代萨迦地方政权后，康区萨迦派势力受到较大冲击，仅德格地区因受到德格土司的保护而得到较好发展。

       康区萨迦派的寺庙分布如下：

康定县：塔公寺、高尔寺、曲木寺、色苦寺、萨迦寺、苦觉寺、唐卡寺、吉真卡寺、日库寺、雄居寺。

丹巴县：阿热寺。

雅江县：亚叶寺、生更寺、亚多寺、来俄寺、根则寺、堆多寺、南真寺、措俄寺、日鲁寺、土巴寺、日洛寺；

理塘县：萨迦寺(下坝区)、共桑洛布林寺、拿洛寺、甲须寺、萨迦寺(毛垭区)、梅吉寺、满州寺、纳呷寺、贡沙寺、更沙寺、日拉寺。

稻城县：热吾下寺、郎岭寺、扎郎寺。

乡城县：雍冲寺、道孚县：山卡贡寺。

炉霍县：钮吉寺。

新龙县：麻西寺、格桑寺、阿乌陀寺、甲西寺、足戈寺、日来寺、吉呷寺、尾衣寺。

甘孜县：卡龙寺，严绕寺、夺拖寺、彭戈寺、弄拉寺。

白玉县：常忠寺、夺科寺、酿妥寺。

石渠县：须热寺、然角寺、郎龙寺、帮来寺；

德格县：更庆寺、占马寺、汪堆寺、银南寺、交哑寺、仲萨寺、白垭乡、俄支寺、康多寺、门查寺、柯洛寺、嘎伦寺、拉夏寺、申九寺、绒达寺、拉萨顶寺、萨迦寺、麻龚寺。