1969年出生，浙江义乌人。1987-1994年就读于西安交通大学，获工学学士、硕士学位；1996年3月考入清华大学电机系攻读博士学位。

1996年起开始涉足互联网领域，从此执着于中国互联网的推动，被《南方周末》冠为中国的“网络旗手”。是《计算机世界》、《电脑报》、新浪网等媒体的专栏作家，迄今已经出版IT专著10部。中国“数字论坛”发起成员，中国信息化专家论坛主要学者。被誉为“中国信息产业最具影响力的独立评论家”。1999年，对微软“维纳斯计划”的批评以及他提出的信息时代“知识霸权”的概念，引发社会强烈争论，并影响了中国IT业的走向。目前已经出版IT专著10本，所有文字都期望有一个共同的指向：直面挑战IT业的强势群体垄断力量，为草根群体和创新力量摇旗呐喊。

1999年9月休学，共同发起并创建国内第一家专业的互联网研究和咨询机构——互联网实验室（Chinalabs），任董事长兼首席分析家，在《新周刊》“2000年中国行业新锐榜”中，互联网实验室位列调查咨询业首位。方兴东本人也被《新周刊》、新浪网、湖南卫视等媒体联合评选为2000年度“中国十大新锐青年”之一。同年，被《中国青年报》推选为“IT新时代十佳青年”，还入选《中国计算机报》“影响中国互联网发展的十大人物”。2002年发起“博客中国”(Blogchina)网站，推动博客（Blog）浪潮在中国的发展。