巴斯克人母系mtDNA的论文参见这些帖子：
http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=14413
http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=14262

论文的结论是，古今巴斯克人母系mt单倍群变化很大，1400年前的mtDNA构成已经基本接近现代西南欧人，现代巴斯克人的母系构成则与其他西南欧人差异很小。
根据论文中给出的mt单倍群比例的数据，我大致算了一下巴斯克4000－5000年前、1400年前和现代的变动情况。

从表中可以看到：
HV/H/V:这些应该是典型的西欧人母系，从古至今是持续增加的，而且从1400年前至今增长尤其明显。很可能是其他西欧人不断移入的结果。

J：主要分布在从近东到西北欧地区，看起来像是新石器农业移民（多瑙河类型？）带来的母系成分，从史前到1400年前是增加的，但是之后比例开始明显减少。

U：从古至今的比例变化都不是很大。U主要在东欧－高加索一带高发，西欧比例不太高。说明来自东欧库尔干人的直接移民很少。

T,X：新石器到1400年前变化不大，但是之后比例明显减少。似乎不是原欧成分，而是混杂的新石器农业移民成分。

K：从新石器时代的21%骤降到1400年前的3%左右，之后变化不大。在现代欧洲人母系中的比例不大，在高加索一带比较高发，似乎不是原欧成分而是高加索起源的母系成分。

W,I：古今比例都很少。

总体来看，四五千年前的巴斯克人，似乎有更多的源自多瑙河下游地区和近东－高加索地区的新石器农民的母系成分，而现代巴斯克人的母系则有更多接近其他西欧人的母系成分（HV/H/V）。
从古至今的总体变化趋势是西欧人的主体成分明显增加了，而且是从1400年前至今的增加的速度更快。看来从母系数据分析来看，可以排除早期巴斯克人是克罗马农人后裔的可能性。

看起来在新石器时代的西欧中、南部，有可能存在一个新石器农业移民人口大量增长的时期，甚至超过了西欧土著猎人的人口。早期的巴斯克人可能就是他们的缩影。
但是后来不知何故西欧土著猎人（可能也学会了农业，或许还跟东欧土著联合起来征服了新石器农民？）的人口开始大量增加，反过来收复失地，在西欧大部分地区重新占到了优势。新石器农民的成分只能在东南欧才能占到上风。