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CHIP-on-chip介绍

(2009-11-23 18:10:07)
标签:

教育

生物芯片

技术

学习

分类: 技术方法

    上周五接触到一个客户,是做CHIP-on-chip的,,这玩意儿听说过却不知道是啥,赶紧搜搜看看。现在具体细节不清楚,至少知道个全貌了。

    CHIP是染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay )的缩写,敢情师兄天天鼓捣的co-IP也是这玩意儿啊,这个东西是目前唯一的研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。咱可孤陋寡闻了。

    CHIP-on-chip就是先用特异性抗体把目的组蛋白特异地沉淀下来,当然也包括上面缠绕的DNA,再把DNA单独拿出来去扩增,最后再上芯片,就是这么个过程咯。

    话说wiki真是个好东西啊!以下是wiki上介绍的CHIP-chip。

    分为三大步骤,这样的一个流程关系:

CHIP-on-chip介绍

    靠这个图我还学会了俩名词儿:wet-lab和dry-lab。

    这个图主要是一个关系展示,我关心的还是一个wet-lab部分,毕竟这是客户所直接面对的。其流程如下:

CHIP-on-chip介绍

      瞧瞧,多么的一目了然啊!还解决了我之前的一些疑问,因为我以为必然是双染料标记,也就是说必须是双通道芯片的,现在看来不是必须用两种染料标记的了。

 

    CHIP-on-chip主要应用价值在于是从组蛋白上抠DNA下来拿去检测的。因此可以研究组蛋白的甲基化、乙酰化之类,也可以用于特定反式因子靶基因的高通量筛选,更可以研究转录因子与DNA的相互作用。

   

    大体情况是这样,具体细节还需要探索,目前可以提出的问题有:

①如何扩增组蛋白上的DNA的?

②反式因子与靶基因的作用是咋回事儿?

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