干扰素以免疫调节作用为主，同时抗病毒，疗程有限。核苷类似物的作用机制主要是抑制病毒复制，需要长期维持用药。
　　

    核苷类似物与干扰素α的治疗终点不同。干扰素的治疗终点很明确，即HBeAg消失或伴有血清转换，更理想的是HBsAg消失或血清转换，虽然参考HBV-DNA下降，但不应以HBV-DNA下降做为疗效判断指标。核苷类似物的治疗终点强调HBV-DNA下降。美国最新指南强调，核苷类似物也要达到HBeAg的消失或转换（HBeAg阳性乙肝），再继续用药半年以上才可以停药。

　　选择抗病毒治疗药物时，并不是考虑干扰素与核苷类似物哪个更好，而是怎样用最好的方式，更加合理地应用这两类药物，使病人的收益最大。通常需要经过综合考虑来选择抗病毒药物。根据干扰素的特点，可以用于那些免疫功能健全的，肝病属于代偿期的年轻患者；由于服用方便，这类患者也常用核苷类药物。对于一些免疫抑制患者或者是失代偿的肝病者，或者是干扰素不应答者，要选用核苷类药物。