南朝刘宋元嘉年间(公元424—453年),有慧琳禅师继慧理开山后筑庵于石笋峰下。
后晋天福二年(937年),吴越王钱元瓘于石笋峰下建晋圆院,又与山同名为资严寺。
北宋大中祥符元年(1008年),敕改额为永福寺。
北宋熙宁年间(1068—1077),郡守祖无择爱石笋之胜,乃于寺旁建庵,名邺公庵。
北宋时期,永福寺内方丈四壁多有赵阅道、苏东坡、秦少游等人的留题与竹画。
南宋咸亨年间(1265—1274),宋度宗之母隆国夫人据永福寺为香火院,并斥资扩建,宏规巧构,丹矆相辉,碧光琉璃瓦覆盖于顶。逝后以寺超然台为葬,移寺于西,自此一寺两院。
元至元年间(1335—1340),清凉山僧人正宗卓锡东院,因其常衣白衲,人称白衲庵。
明成化二年(1466),僧人古香于上院建海日楼。后于弘治年间(1488—1505),寺被洪水淹废。
明万历年间(1572—1620),寺得复兴,由徐宏基题额为“永福禅林”。
清顺治年间(1644—1661),僧静昭驻锡复兴。
清康熙十年(1671),东皋心越禅师移住永福,五年后,应邀东渡日本,弘传曹洞宗并创寿昌派禅法,同时传授琴学与书画篆刻艺术,在日本佛教及艺术界均享有盛誉。永福寺随后渐废。
清乾隆四十四年(1779)年,永福寺依原有规模重建,后又渐废。
2001年根据杭州市政府90号专题会议纪要精神,由杭州市佛教协会恢复重建并于2003年6月正式动工。
2003年,根据杭州市佛教协会三届四十七次常务理事会通过,由月真法师任永福寺监院。
2005年4月22日,经浙江省民宗委批准,恢复永福寺为宗教活动场所,即将正式对外开放。
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