交通部长江航务管理局：1950年成立，1953年改为长江航运管理局，1964年改长江航运公司，1975年再次改为长江航运管理局，1984年前统一管理长江全线航政（海事）、航道、港口、航运、公安、通信等。1984年改长江航务管理局，航运企业分出成立长江轮船总公司，5个分局（重庆、武汉、芜湖、南京、上海）改为地区性轮船公司。
1、长江海事局：正局级行政单位，1966年组建长江航政管理局，1989年改长江港航监督局。各航政分局改为港航监督局，2000年改长江海事局。对外称“中华人民共和国长江区港务监督局”。负责水上交通安全监督。下设重庆、三峡（万州）、宜昌、荆州、岳阳、武汉、黄石、九江、安庆、芜湖海事局和长江引航中心、武汉海事职工中专学校。管辖干线通航水域2013.5公里（重庆江津九层岩至安徽芜湖驻马河口）。在职职工3000人。
2、长江航运公安局：正局级行政单位，下设泸州、重庆、万州、宜昌、荆州、岳阳、武汉、黄石、九江、安庆、芜湖、南京、镇江、苏州、南通、上海等16个分局。
3、长江航道局：正局级事业单位，下设长江泸州、重庆、宜昌、武汉、南京航道局，重庆、宜昌、武汉、南京航道工程局（疏浚工程公司），长江航道救助打捞局、长江航道规划设计研究院，武汉航道学校。
4、长江通信管理局：正局级事业单位，长航通信总站1984年改长江航务通信导航管理处。1992年更名为长江通信导航局。1999年所属的6个分局更名为局。2003年更名为长江通信管理局。现辖重庆、宜昌、武汉、芜湖、南京、上海6个直属局和重庆、涪陵、万县、宜昌、巴东、枝城、荆州、临利、黄石、邓家口、洪湖、城陵矶、芜湖、九江、安庆、池州、铜陵、南通、张家港等27个通信管理处。全局现有职工2000人。
5、长江三峡通航管理局：正局级事业单位。位于宜昌。管理的范围以葛洲坝船闸和三峡五级船闸为重点，辖段全长59公里。
长江航运总医院
中国水运报社
长江航运规划研究中心
长江航运信息中心
长江船舶设计院：
长江航运规划设计院
长江航道规划设计研究院
长江航运经济技术研究所
长江航运科学研究所  

 

中国长江航运集团：1984年成立交通部长江轮船总公司。1991年更名为中国长江轮船总公司，属中央大型企业工委管理。1993年组建中国长江航运集团，1996年核心企业更名为中国长江航运（集团）总公司。下属5个二级公司。
重庆长江轮船公司：下设重庆东风船舶工业公司（含川江船厂）、重庆长航房地产开发有限公司、“朝天宫”销售总部、白象宾馆、工程研究设计院、重庆长航医院、重庆航运旅游学校、重庆长航实业开发总公司、重庆长航通信公司、重庆长江门业有限责任公司、江万船厂。2001年长航集团客运结构调整，长江中下游退出客运，武汉公司不再经营客运，公司全面担负整个集团普客运输任务。
武汉长江轮船公司：宜昌船厂、武汉电机厂、武汉长轮船舶工业修造厂（含汉华船厂、汉新船厂等）、青山船厂、武汉长航医院、青山船厂技工学校、九江职业病防治院、长江航运报。
芜湖长江轮船公司：江东船厂、芜湖河运技工学校、芜湖长航医院。
南京长江油运公司：金陵船厂、金陵船厂技工学校。
上海长江轮船公司：上南船厂、吴淞船厂、上海河运学校、上海长航医院、南通船厂。

 

中国交通建设集团有限公司：2005年由中国港湾建设（集团）总公司（含第一航务工程局（筑港公司）（天津）、含第二航务工程局（武汉）、含第三航务工程局（上海）、含第四航务工程局（广州））与中国路桥（集团）总公司（含第一公路工程局（北京）、 第二公路工程局（西安））重组而成。第二航务工程局从来没有从属于长航。

 

长江水利委员会：1950年成立，1956-1988年曾改称长江流域规划办公室。
长江勘测规划设计研究有限责任公司（综合勘测局、长江勘测规划设计研究院2003年合并组建）
长江勘测技术研究所
长江科学院
长江工程建设局
水文局下属：
长江上游水文水资源勘测局（上游水文局）：原重庆水文总站，1994年更现名。
长江三峡水文水资源勘测局（三峡水文局）：宜昌。
荆江水文水资源勘测局（荆江水文局）：荆州。
长江中游水文水资源勘测局（中游水文局）：武汉。
长江下游水文水资源勘测局（下游水文局）：南京。
长江口水文水资源勘测局（长江口水文局）：太仓浏河。
汉江水文水资源勘测局（汉江水文局）：丹江口。