一九四四年八月，抗大一分校在冀鲁豫边区的渡阳琉璃井创办了一所抗大陆军中学。冀鲁豫军区司令杨得志兼校长。余克勤任副校长。他从一九四二年八月至四四年六月近两年间，带领学校在濮阳、范县、观县一带边学习边打仗、红薯叶拌野菜，生活十分艰苦。就在这种情况下，为冀鲁豫军区培养了一批年青有为的干部，为部队建设作出了贡献。

一九四四年六月，余克勤奉命南下，挺进水东，巩固扩大河南抗日根据地。余克勤率领一个营的兵力（称南下大队）离开鲁西南的白毛集，七月一日越过陇海线，进入水东地区杞县。七月二日就攻打杨城敌伪据点。经过六小时激战，活捉伪保安大队长贾宪德、中队长杨凡伍等。缴获轻机枪二挺、小炮两门、手机三十余支、步枪三百多支。杨城全胜后，即刻挺进杞南，和水东地区的党、政、军接头，开始了扩大水东地区根据地斗争。

余克勤率部主动出击，打长岗，获粮万斤。战河堤岭，生擒睢县伪军头子孟昭炳。八月，河堤岭战斗结束后，敌人胆战心惊，不敢轻举妄动。主力部队部队转战睢、杞、太中心区的边沿地带，继续开辟新的解放区。一九四五年元月，冀鲁豫军区第十二分区（水东军分区）成立。司令员余克勤，政委袁振。一九四五年元月，中央军委向水东分区发来了电报，指示“水东分区，应以睢县、杞县、太康、通许为基点，肃清淮阳西华地区之日、伪军和土、杂、顽，控制新黄河渡口，渡河开辟水西，向商水上蔡地区及其以南发展”。他们遵照军委指示，准备向南发展时，国民党“泛东挺进军豫东剿共”中将总指挥张公达，正策划组织对我水藻根据地进行“围剿”。张公达指挥部设在叶寨。余克勤决定夜袭叶寨聚歼敌指挥部机关。他部署得当后，率部于二月十九日夜，神不知鬼不觉地按计划奔向叶寨。战士们个个象猛虎，冲入寨内，活捉了国民党中将张公达、国民党少将中队司令耿明轩、少将参议王昌杰。叶寨战斗历时二十六、七个小时，共歼敌1600百余人。缴获全部武器装备。这一仗，扫清了我军渡黄河开辟水西，向南发展的道路。之后，余克勤又指挥了欧阳岗战斗。欧阳岗一仗共击毙日寇中队长以下80余名；俘虏伪保安联队副司令马子万、参谋长韩清云以下官兵600余人；缴获汽车五辆（已毁）、缴获轻机枪9挺，步、马枪629支等。欧阳岗战斗的胜利，粉碎了敌人的扫荡，保卫了解放区，为争取抗战在河南的胜利作出了贡献。这一胜利，延安《解放日报》发表了告捷消息。七月二十七日我《冀鲁豫日报》以醒目的标题：“水东八路军先机制敌，重克欧阳岗歼敌80，缴汽车五辆，俘日伪军600余。”予以报道。这对水东军民抗日斗争是极大的鼓舞。