2.数据导入成功后，点击窗口顶部“Analysis”，在phylogene后拉框中选择compute frequence,在弹出的对话框中点击数据文件名（比如为：”*”）后，注意选择右侧相应的计算水平level-2，点击submit.

3. 点击窗口顶部“Analysis”，在Phylogene后拉框中选择“Frequence Based Distance”,在弹出的对话框中点击数据文件名（*）后，注意选择右侧距离计算方法，注意选择右侧相应的计算水平level-2，最后点击submit，此时distance文件夹里会出现“*.share allele”的类群间距离表。

4. 点击窗口顶部“Analysis”，在phylogene后拉框中选择“UPGMA/ NJ tree”,在弹出的对话框中点击数据文件名“*.share allele”后，注意选择右侧聚类模型，最后点击submit。

5. 点击窗口顶部“Data”,选择Batch export, 弹出的对话框中点击以NJ或upgma结尾的数据文件名，选择输出文件保存路径，再点击submit.