深沪湾自1986年发现我国惟一、世界少有的浅海域大面积海底古森林遗迹，及未次盛冰期大片古牡蛎礁石后，中科院地质及地球物理专家及学者多次对深沪湾进行频密的考察。2002年5月、8月、12月，中科院专家小组续在深沪湾发现古人类加工的石制品。在北京的专家评审会上，与会专家一致认为：“晋江深沪不仅是远古人类活动频繁的地区，而且极有可能是东南沿海旧石器的遗址。它的发现，将我国沿海人类活动的历史至少提前了50万年。”
深沪湾方圆几十里，近海沿岸的村庄及乡镇聚居着诸多姓氏族群。这些姓氏族群大都保留着他们各自的谱牒，但这些谱牒大多只能追溯到宋元之后。而且这些谱牒同闽省其他地区的姓氏谱牒一样，把他们的祖先冠于来自中原某地，或河南光州固始县，而他们的祖先都是来闽做官的权贵，这些都是值得榷商的。当然权贵有他们的后裔这是无可厚非的，但是同一时期，跟权贵或在权贵周围的诸多同姓氏者也有他们的传代的子孙，他们的谱牒资料呢？他们的子孙大都攀附挂靠了权贵。谱牒源自中国古代氏族社会，凿木刻石、结绳记事以及甲骨文戳记等，这都是社会低层庶民创造的谱牒资料，与权贵的谱牒不一样。
深沪湾历史悠久，史前就有人类结庐聚居，繁衍生息，蕴含着丰富宝贵的氏族文化资料。深沪湾的土著族群及原住民的历史资料，正如海底古森林及旧石器一样，需要发掘、探讨及研究。
深沪湾古为闽越、蛋家族人的农牧鱼耕、狩猎之地。中原族群入晋之前，为七闽地，春秋战国时为越地。东汉·许慎的《说文解字》注：“闽是东南越，蛇种。”也就是说闽是蛇图腾的氏族社会。《邝露赤雅》云：“蛋人神宫，画蛇以祭，白云龙种，浮家泛宅，或住水浒，或住水澜，捕鱼为食，不与土人通婚。”《路史》谓：“闽乃蛇种，黄、林是其土著。”《选堂集林·史林》说：“蛋多以雷、苏、陈、吴为姓。”
中原土民徙居泉州深沪湾一带时，在各个朝代的争斗更迭中，移徙来的姓氏族人早与土著杂处错居，甚而重新整合，成为泉州深沪湾的土著。宋·《太平寰宇记·泉州风俗》云：“泉郎即此州之夷户，亦曰游艇子，即卢循之余。晋未卢循寇暴，为刘裕所灭，遗种逃叛，散居山海，至今种类尚繁……其居止常在船上，兼结庐海畔，随时随徙，不常厥所。船式头尾尖高当中平宽，冲破逆浪都无畏惧，名曰了鸟船。”清·赫玉麟编修的《福建通志》中有元·贡师泰的闽《海歌》诗云：“黑面小郎棹三舨，看取官人来大船。日正中时先转舵，一时举手拜神天。碇手在船功最多，一人唱声百人和。何事浅深偏得记，惯曾海上看风波。”清·詹肯构的《深沪即事五言排》就有：“蛋户锹蛰蛤，村童拾草芜”之句。
从种种历史资料略举几例便可说明深沪湾一带土著族群活动的基本概况。
虽然深沪湾诸多姓氏族群对于本族族源的攀附，原有的土著族群对中原移民的认同与相互融合，给谱牒的真实性研究带来迷雾，但是深沪湾的各姓氏族群在各种民俗礼仪、风土文化、村庄名称、性格语言中仍保留着大量的土著习俗。《黑子·节葬下》就有“楚之南，有啖人国者，其亲戚死，圬其骨而弃之，然后埋其骨”的记载。楚之南古时称诸越，二次葬，也称迁葬，洗骨葬，这是古越族特有的葬俗。这种棺葬后又拾墓洗骨再葬的风俗，一直保留到现在。还有正月的掷土团、船头褒歌、清明走山、梭丸英沙、补网溜窗梆、拖大网抛手网等，这些原住民的习俗也一直保留到近代。
深沪湾有村庄九十九寮，如土地寮、海尾寮、鸡阉寮、龙寮、下寮等，传说是清·施琅将军的牧马场，士兵放牧用草木搭建，后来逐渐成为村庄，因而这些村庄现在大都是施姓族群聚居。按照深沪的历史，唐宋之前深湾一带已有多个村庄开埠，名诗人罗隐已游埠而来。明朝前叶深沪为“风土鱼虾薮，邱园粟麦乡”，十分繁盛。历代朝迁官吏住深沪视事，或鱼商贩运，除了有舟楫之便外，“潮落即成途”。深沪湾沿岸沙滩就是主要的通途，古赤渡头就在深沪湾畔。这些村庄的存在应该追溯到更远的历史朝代，而不可能全是施将军的士兵所开拓，而且施琅的士兵姓氏繁多，也不是单一姓施。
传说中土地寮是因为前人建有土地公宫在此因而得名，并有顶土地寮及下土地寮村庄之分，这种传说并没有真正的历史记载。大家不难发现“土著”与“土地”闽南语是同音的，“土地寮”也可叫为“土著寮”吧。明·中叶林大春在《潮阳志》上说蛋民“近或苦于诛求，逼于盗贼，辄稍稍散去，或有弃舟楫入民间为拥护者矣”。汕头大学黄赞发教授对此说：“可证蛋民所事，早已非只水上作业了，陆居之后，多称永恒为寮，潮属各处的田寮、园寮，草寮，以至寮命名者比比皆是，当为蛋语之遗存。”学者曾访问过位于台湾南部的村庄“头前寮”及“番仔寮”，番仔寮该村老者告知，番伍寮原为台湾平埔族原住民聚居，后来闽人来台才叫开的村名，一般土著居住的村庄在台湾不是叫寨就是叫寮，由此可证在施将军士兵尚未开拓之前这些寮应为蛋族所建。
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