囊山寺曾为古驿道宿站，当年朱熹赴同安上任时，曾住在寺内。朱熹有诗曰：“晓发渔溪驿，暮宿囊山寺。云海近苍茫，溪山拥清翠。行役倦修程，投闲聊一憩。不学塔中仙，前途定何事。”

　　囊山海拔639米，多为裸露的花岗岩，因山峰形如古人坐褥上的“隐囊”而得名。峰顶山峦重叠，累列如莲瓣，故有“古囊山列山献 ”之称，为“莆田二十四景”之一。山上岩石奇形怪状，其中有一巨石，形如海里的鲎，故称为“鲎石”，能随气候变化而改变其颜色，天晴时色白，将雨时变灰，山下数十里处皆可见，被人视为天然“晴雨表”。还有个天元岩，上面堂宇高敞，倚栏眺望，可见兴化湾烟波浩渺，海天一色，星罗棋布的大小岛屿，俨如千帆竞发，辟波斩浪，十分壮观。

南宗传有南岳、青原两大支系。福建佛教禅门南宗，肇始于南岳下第一世马祖道一禅师传来。明·永觉《建州弘释录》云：马祖入闽"居建阳之佛迹岭，时闽中诸释久滞权渐，忽闻顿旨，翕然趋向。甘泉志贤、千顷明觉实首依之，卒之大器"。因此，"七闽禅学，实师（指马祖）为之肇云"。是时约于8世纪中叶；"七闽"古指福建与浙江南部一带。马祖后往江西开创丛林，聚徒说法，法嗣弟子有怀海等百余人，各为一方宗主。后来怀海又在洪洲百丈山接化，制定《禅门规式》（即《百丈清规》），南宗由此大盛。

南岳下四世文矩（后赐封"妙应"）禅师，正是在南宗禅方兴未艾的极盛时期，创建囊山慈寿禅寺。古刹千年，沧桑几度，盛衰多变，废兴更迭，然而从来未改其为十方选贤丛林性质。溯自唐代妙应祖师开山以来，历代法门龙象辈出，慧灯不绝：开祖之下更有五代悟真住持，竭力尽心，嗣承道业；北宋本道、僧宏、戒香诸禅师，相继兴寺安僧，功德难量；南宋祖贤、宗超、德秀、觉初、汝明、立坚、守惩等诸古德，参悟禅机，弘扬佛化，住持香刹，作众楷模；元有深公，继绝兴废，行愿无尽；明有湘江、永清、一行、连城、常列等诸先贤，恢宏梵宇，功绩巨大，劳苦高深，足垂千古；清至近代有永陵、通源、源智等诸名僧，劝化创业，中兴祖道，宏开法戒，丕振宗风。犹有法名功绩尽皆付诸阙如的历代名僧硕德，湮灭无考者难计厥数。

史载妙应祖师精通地理之学，善相地脉，著有《博山经》传世，惜乎后世佚失。他所择之禅林福地，背列囊峰耸秀，洞壑幽深，林木蓊郁，漫山苍翠。宝刹建于古囊南麓，梵宫胜景，名实相宜，是故古今著闻遐迩，蜚声中外。然而唐代犹未开山之前，林海茫茫，樵人绝迹，祖师独栖岩穴之中禅修多时，情若效法本师释迦如来出家后之六年苦行。九座智广禅师看他苦修志行之卓异，称其为"古辟支佛也"，岩洞因而得名流传迄今。一从"辟支佛"再世于古囊福地岩栖苦修，后来又创建宝刹，古囊于是擢升为名山。自唐末五代及至宋时，法运长启，梵宇恢宏；其间时而经筵宏开，佛子毕聚，远近参礼善信云集，信施山积。然而巍巍禅苑，既是因缘所生，岂无异灭之时？宋代迄至于今，几番衰颓而濒于毁废姑且不论，北宋之末"三经于火"，朱明之世三度人为劫难，梵宫先后六次几成废墟，幸而每次终于重建，只是寺宇规模大小不同，此皆历次复兴之殊胜法缘俱足使然！迨几本世纪60年代之"文革"浩劫，只道法缘已尽，名刹难免化成劫灰；岂知十年之后因缘一变，"时过于斯，否终则泰